9 부가가치세 환급

「화물자동차운수사업법」및 관련 국토교통부장관의 고시(예 : ○○○○년도 화물자동차 운수사업 공급기준 고시)로 인하여 실무상 지입차주는 화물운수업에 필요한 차량을 직접 구매할 수 없고 지입회사를 통하여 취득할 수 밖에 없어 지입회사가 지입차주를 대신하여 차량공급업자로부터 차량을 공급받아 차량등록절차를 마친 후 지입차주에게 인도되는 형식을 갖추고 있는 것이 보편화되어 있고 이러한 현실을 이유로「부가가치세법 기본통칙」16-58…1에서「부가가치세법」제6조 제5항 단서 규정을 적용하여 지입회사가 차량공급업자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 교부받은 후 자기의 명의로 지입차주에게 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다고 보이는 점, 이에 따라 국세청 예규(부가46015-4079)도 지입회사가 지입차주에게 차량을 인도한 때에 세금계산서를 교부해야 한다고 명시하고 있는 점, 지입회사가 차량공급업체로부터 차량을 공급받으면서 부가가치세를 거래징수 당하였고 지입차주인 신청인에게 2012. 9. 27. 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 거래징수하였으므로, 신청인에게 부가가치세를 환급하지 아니하면 신청인은 결과적으로 부가가치세를 이중부담하게 되는 결과를 초래하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 신청인이 지입회사로부터 차량을 인도받으면서 2012. 9. 27. 교부받은 세금계산서를 근거로 등록 전 매입세액에 해당되는지 여부를 판단하여야 하는바 사업자등록신청일(2012. 10. 9.)로부터 소급하여 20일 이내에 교부받았으므로 매입세액공제를 적용하여야 함에도, 차량공급업체(〇〇상용차(주))가 지입회사에 차량을 인도하면서 세금계산서를 교부한 2012. 9. 12.을 기준으로 ‘등록 전 매입세액’여부를 판단하여 부가가치세 매입세액공제를 배제한 처분은 위법하다고 판단한 사례

부가가치세 환급

결정개요

1. 민원번호  2BA-1305-242249 (의결일 : 2013. 7. 29.)

2. 피신청인  ○○세무서

3. 쟁점사항

신청인이 지입회사를 통해 차량 공급업체로부터 취득한 차량에 대한 부가가치세 매입세액을 공제할 수 있는지 여부

4. 처리결과 시정권고

피신청인에게 신청인에 대하여 2012년 2기의 차량매입과 관련한 부가가치세 매입세액을 공제하여 이미 납부한 부가가치세(○○원)를 환급할 것을 시정권고한다.

5. 참조법령

｢부가가치세법｣ 제6조(재화의 공급), 같은 법 시행령 제21조(재화의 공급시기)

이유

1. 신청 원인

신청인은 2012. 9. 27. ○○운수 주식회사(이하 ‘지입회사’라 한다)와 화물자동차 위・수탁관리계약(지입계약)을 체결하고 ‘○○운수’라는 상호로 2012. 10. 9. 피신청인에게 사업자등록신청을 하였는데 화물운수사업 총량제로 인하여 부득이 14톤 화물자동차(이하 ‘쟁점 차량’이라 한다)를 지입회사에 위탁하여 취득하면서 업계의 관행에 따라 2012. 9. 27. 지입회사로부터 교부받은 세금계산서를 근거로 부가가치세 매입세액공제를 신청하였는데, 피신청인은 쟁점 차량의 공급업체(○○상용차)에서 지입회사에 교부한 세금계산서의 교부시기(2012. 9. 12.)를 공급시기로 보아야 하고 신청인이 신청한 매입세액은 사업자등록신청일(2012. 10. 9.)로부터 소급하여 20일이 경과한 등록전 매입세액에 해당한다는 이유로 부가가치세 매입세액을 불공제 하였는바 억울하니 부가가치세를 환급하여 달라.

2. 피신청인의 주장

「부가가치세법」제6조 제5항 및 국세청 심사결정례(심사부가2005-0505, 2005. 12. 19.) 등에 근거하여 볼 때, 지입차주가 지입회사에 위탁하여 제조회사로부터 차량을 구입하는 경우에는 차량공급업체(제조회사)로부터 지입회사로 차량이 공급되는 시기를 공급시기로 보아야 하므로 2012. 9. 12.이 쟁점 차량의 공급시기이며, 신청인의 사업자등록신청일인 2012. 10. 9.을 기준으로 소급하여 20일이 경과하였기에 쟁점 차량에 대한 부가가치세 매입세액은 등록전 매입세액에 해당하여 환급해 줄 수 없다.

3. 사실 관계

가. 신청인은 화물차량번호판 여유분이 있는 지입회사를 통하여 운수업을 영위하고자 화물업계의 관행에 따라 2012. 9. 지입회사에 쟁점 차량의 매입과 관리를 위탁하였다.

2007년부터 국토교통부에서 매년 고시(화물자동차 운수사업 공급기준 고시)를 통하여 화물차량의 증차를 사실상 제한하는 이른바 ‘화물운수사업총량제’가 시행되어 운수회사들이 회사자산인 차량면허(번호판)를 양도하지 않으려 함에 따라 개인이 운수업에 진입하기 위해서는 운수회사에서 보유하고 있는 기존의 화물차량번호판을 취득하는 방법으로만 가능하게 되었고 이 때문에 개인이 운수회사에 차량의 매입과 관리를 위탁하는 형태(지입거래)가 일반화되어 있다.

나. 지입회사는 2012. 9. 12. 〇〇상용차(주)와 매매계약을 체결하고 같은 날 차량을 인도받으면서 〇〇상용차(주)로부터 작성일자는 ‘2012. 9. 12.’로, 공급가액은 ‘〇〇원’으로, 세액은 ‘〇원’으로 기재된 전자세금계산서를 교부받은 후 서울특별시 〇〇구에 자동차등록서류를 제출하였다.

매매계약서의 고객사항에 지입회사의 인적사항 및 실차주(신청인)의 성명, 주민번호, 주소, 연락처 등의 인적사항이 병기된다.

다. 지입회사의 자동차등록신청에 따라 2012. 9. 27. 서울특별시 〇〇구청은 자동차등록번호는 ‘서울〇〇아〇〇〇〇’로, 제원’〇〇14톤장축카고트럭‘으로, 차종은 ‘화물’, 용도는 ‘영업용’으로, 최초등록일은 ’2012-09-27‘로, 출처구분은 ’신조차‘로, 최초접수번호는 ’〇〇〇-〇〇〇-〇〇〇‘로 쟁점 차량에 대한 자동차등록원부를 작성함으로써 자동차등록을 완료하였고, 쟁점 차량의 ‘자동차등록원부(을)’에는 자동차소유자는 ‘〇〇운수(주)’로, 저당권자는 ‘〇〇캐피탈주식회사’로, 채무자는 신청인의 이름으로, 채권가액은 ‘〇〇원’으로, 저당권 설정일자는 ‘2012-09-27’로 기재되어 있다.

라. 지입회사는 쟁점 차량을 자동차등록이 완료된 2012. 9. 27. 신청인에게 인도하면서 신청인에게 작성일자는 ‘2012. 9. 27.’로, 공급가액은 ‘〇〇원’으로, 세액은 ‘〇원’으로 기재한 전자세금계산서를 교부하였다.

지입회사명의로 자동차등록이 완료된 시점에서 비로소 실질 차주인 신청인이 쟁점 차량을 이용가능하게 되므로 이 시점을 인도시점으로 봄이 타당하다.

마. 한편, 신청인은 2012. 10. 9. 피신청인에게 상호는 ‘〇〇운수’로, 개업일은 ‘2012년 9월 27일’로, 사업장소재지는 ‘서울특별시 〇〇구 〇〇동 〇〇 〇〇트럭터미널 〇-〇〇'으로, 업태는 ‘운보’, 종목은 ‘화물’로 사업자등록을 신청하여 사업자등록증을 교부받았다.

바. 지입회사는 쟁점 차량의 취득과정에서 〇〇상용차(주)로부터 2012. 9. 12. 교부받은 세금계산서를 매입처별세금계산서합계표에, 2012. 9. 27. 신청인에게 교부한 세금계산서는 매출처별세금계산서합계표에 반영하여 2012년 2기 부가가치세 예정신고 시 피신청인에게 제출하였고, 신청인은 2012. 9. 27. 지입회사로부터 교부받은 세금계산서를 매입처별세금계산서합계표에 반영하여 역시 2012년 2기 예정신고기간 중에 부가가치세 조기환급신고서를 피신청인에게 제출하면서 쟁점 차량의 실소유자로서 취득 시 거래징수당한 부가가치세 〇원에 대한 매입세액공제(환급)를 신청하였다.

사. 피신청인은 국세청 심사결정례(심사부가2005-0505, 2005. 12. 19.)를 근거로 운수업자가 지입회사에 위탁하여 차량을 구입하는 경우에는 지입회사가 차량제조회사로부터 공급받는 때에 운수업자가 지입회사로부터 차량을 공급받은 것으로 보아야 하므로, 2012. 9. 12.을 지입회사와 신청인 간의 쟁점 차량 공급시기로 보아야 하고 그러하다면 쟁점 차량의 거래시기는 신청인의 사업자등록신청일(2012. 10. 9.)을 기준으로 소급하여 20일 경과된 시점에 있어「부가가치세법」상 매입세액이 불공제되는 ‘사업자등록 신청 전의 매입세액’에 해당된다는 이유로 신청인의 매입세액공제를 거부하였다.

아. 한편, 피신청인이 제시한 국세청 심사결정례(심사부가2005-0505, 2005. 12. 19.)는 당해 심사결정(기각)을 받은 납세자가 행정소송을 제기하여 1심(부산지방법원2006. 9. 14. 선고 2006구합720 판결) 및 2심(부산고등법원 2007. 4. 27. 선고 2006누4103 판결)에서 승소판결을 받은 사유로 인하여 더 이상 그 효력을 상실한 것으로 확인되었다.

4건(심사부가2005-502, 503, 504, 505)의 국세심사결정에 대하여 일괄하여 제기된 행정소송 건으로서, 판결문의 ‘라. 이 사건 제3처분(심사부가2005-0505관련)에 대한 판단’ 부분에서 법원은 지입회사는 지입차주로부터 위탁을 받아 차량을 관리하기는 하지만 양자는 어디까지나 별개의 독립된 사업자이고 지입관계의 본질상 그들 사이의 거래관계는 단순한 위탁거래관계로 볼 수는 없으므로, 지입회사가 지입차주의 위탁을 받아 지입차량을 매입하는 경우에도 지입회사는 차량공급자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 교부받은 다음, 다시 자기의 명의로 지입차주에게 세금계산서를 교부하여야 한다고 볼 것이며 따라서 특별한 사정이 없는 한 지입차주가 지입회사와 차량인도에 관한 계약을 체결하고 그 계약내용에 부합하는 세금계산서를 교부받은 때를 재화의 공급시기로 봄이 상당하다는 법리를 제시하고,“지입회사가 2005. 2. 14. 자동차회사로부터 이 사건 제3차량을 인도받았다 하더라도, 원고(지입차주)와 지입회사가 별개의 사업자인 이상 그때 위 원고가 위 차량을 공급받았다고 단정할 수 없고 특별한 사정이 없는 한 세금계산서상 작성일자를 기준으로 등록 전 매입세액 해당 여부를 가려야할 것인바, 세금계산서상 작성일자가 2005. 3. 1.로 되어 있고 원고의 사업자등록 신청일이 같은 해 3. 11. 이므로 위 매입세액은 등록 전 매입세액에 해당하지 아니하여 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 따라서 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 제3처분은 위법하므로 취소되어야 한다.”라고 판시함으로써 전심(국세청 심사부가2005-0502)결정을 무력화 하였다.

2심(과세관청의 항소심)에서도 법원은 1심 판결을 그대로 인용하여 납세자가 최종 승소하였다.

4. 판단

가.「부가가치세법」(2012. 7. 1. 법률 제11129호로 개정된 것) 제6조 제5항은 “위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고, 같은 법 시행령(2012. 8. 31. 대통령령 제24076호로 개정된 것) 제21조 제2항은 “위탁판매 또는 대리인에 의한 매매의 경우에는 수탁자 또는 대리인의 공급을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 다만, 법 제6조제5항 단서의 경우에는 위탁자와 수탁자 또는 본인과 대리인 사이에도 공급이 이루어진 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제17조 제2항은 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (중략) 7. 제5조제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액(이하 생략)”이라고 규정하고 있다.

제21조(재화의 공급시기) ①법 제9조제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각 호에 따른다.(이하생략)

나. 한편, 법원은 실제 공급시기가 다르게 밝혀지는 등의 사정이 없다면 지입회사가 지입차주의 위탁을 받아 지입차량을 매입한 경우에 있어 지입회사는 매입한 차량을 지입차주에게 인도하는 때에 세금계산서를 교부하여야 한다고 판시(부산지방법원 2006. 9. 14. 선고 2006구합720 판결 및 부산고등법원 2007. 4. 27. 선고 2006누4103 판결)하고 있으며, 과세관청의 처분지침인「부가가치세 기본통칙」16-58…1(지입차량에 대한 세금계산서 수수)에서도 “지입회사가 지입차주의 위탁을 받아 지입차량을 매입하는 경우에 지입회사는 법 제6조 제5항 단서에 따라 차량공급자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 발급받고 자기의 명의로 지입차주에게 세금계산서를 발급하여야 한다.”라고 명시하고 있고, 같은 통칙(부가가치세 기본통칙 16-58…1)에 대한 해석을 구하는 질의에 대하여 국세청이 “지입회사가 지입차주의 위탁을 받아 지입차량을 매입한 경우에 있어 지입회사는 매입한 차량을 지입차주에게 인도하는 때에「부가가치세법」제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것으로, 지입회사가 매입한 차량의 인도일이 속하는 과세기간 이후의 과세기간에 지입차주에게 세금계산서를 교부한 때에는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로서 당해 세금계산서의 매입세액은 지입차주의 매출세액에서 공제할 수 없는 것임.”이라고 회신(부가46015-4079, 2000. 12. 19.)하였다.

다. 살피건대,「화물자동차운수사업법」및 관련 국토교통부장관의 고시(예 : ○○○○년도 화물자동차 운수사업 공급기준 고시)로 인하여 실무상 지입차주는 화물운수업에 필요한 차량을 직접 구매할 수 없고 지입회사를 통하여 취득할 수 밖에 없어 지입회사가 지입차주를 대신하여 차량공급업자로부터 차량을 공급받아 차량등록절차를 마친 후 지입차주에게 인도되는 형식을 갖추고 있는 것이 보편화되어 있고 이러한 현실을 이유로「부가가치세법 기본통칙」16-58…1에서「부가가치세법」제6조 제5항 단서 규정을 적용하여 지입회사가 차량공급업자로부터 자기의 명의로 세금계산서를 교부받은 후 자기의 명의로 지입차주에게 세금계산서를 발급하도록 규정하고 있다고 보이는 점, 이에 따라 국세청 예규(부가46015-4079)도 지입회사가 지입차주에게 차량을 인도한 때에 세금계산서를 교부해야 한다고 명시하고 있는 점, 피신청인이 신청인의 고충신청을 거부한 근거로 삼은 국세심사결정례(심사부가2005-0505, 2005. 12. 19.)는 행정소송(부산지방법원 2006. 9. 14. 선고 2006구합720 판결 및 부산고등법원 2007. 4. 27. 선고 2006누4103 판결)을 통하여 그 효력이 상실되어 이 민원에 적용할 수 없는 점, 이 민원에서 지입회사가 차량공급업체로부터 차량을 공급받으면서 부가가치세를 거래징수 당하였고, 지입차주인 신청인에게 2012. 9. 27. 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 거래징수하였으므로, 신청인에게 부가가치세를 환급하지 아니하면 신청인은 결과적으로 부가가치세를 이중부담하게 되는 결과를 초래하는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 피신청인은 신청인이 지입회사로부터 차량을 인도받으면서 2012. 9. 27. 교부받은 세금계산서를 근거로 등록 전 매입세액에 해당되는지 여부를 판단하여야 하고 신청인이 지입회사로부터 교부받은 세금계산서는 사업자등록신청일(2012. 10. 9.)로부터 소급하여 20일 이내에 해당하여 이는 매입세액공제를 적용하여야 함에도, 차량공급업체(〇〇상용차(주))가 지입회사에 차량을 인도하면서 세금계산서를 교부한 2012. 9. 12.을 기준으로 ‘등록 전 매입세액’여부를 판단하여 부가가치세 매입세액공제를 배제한 처분은 위법하다고 판단된다.

5. 결론

그러므로 부가가치세 매입세액공제를 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.