과 제 명	공익사업용으로 수용되는 부동산의 양도시기 개선
제 출 자	박달영 조사관
의 결 일	08. 10. 13.
소관기관	기획재정부장관	분 야	세무
주 문	기획재정부장관은 별지 개선방안과 같이 「소득세법 시행령」 제162조 제1항에 제7호를 신설할 것을「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제47조에 의하여 제도개선 권고한다.

1. 현  황

가. 신도시 개발 및 산업공단 조성 등 공익사업을 시행하는 사업시행자가 공익사업용 부동산(토지와 건물을 말함, 이하 같다)을 확보하는 절차는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다)」에서 규정하고 있다.

<예  시>

2006.2.3. 2006.3.20. 2006.3.24. 2006.5.31 2006.8.18 2006.10.26. 2006.12.4
수용 재결 보상금공탁 수용개시일 ‘06공시지가고시 등기일 이의재결 증액분 공탁

(1) 협의에 의한 취득 또는 사용 : 공익사업용지의 취득 및 사용 절차가 사업시행자와 부동산의 소유자간에 교섭행위를 통하여 이루어짐(사법상 계약이나 그 공익적 성격으로 인하여 수용 취득시와 동일한 효과 부여)

(2) 수용에 의한 취득 및 사용 : 공익사업용지의 취득 및 사용절차가 수용재결을 통하여 사업시행자가 보상금의 지급 또는 공탁을 조건으로 타인의 재산권을 강제적으로 취득 또는 사용하는 절차

※ 이 안건은 부동산의 수용에 의한 취득을 대상(협의 매수는 제외)으로 한다.

나. 토지보상법에 의한 부동산의 수용에 대하여 지주들은 사업자체를 반대하거나 보상가액에 이의를 제기하는 경우가 많은데, 이에는 부동산을 선호하는 국민의 보편적 정서 및 개발이익의 향유에 대한 상실감이 중요한 요인으로 작용하고 있다.

다. 소득세법상 양도의 개념은 자산의 등기 또는 등록에 관계없이 과세대상으로 열거된 자산이 매도․교환․법인에의 현물출자 등으로 사실상 이전되는 것을 말하며, 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 정한 양도시기는 대금청산일을 원칙으로 하고 있는데, 이는 소유권 변동의 외형적 절차인 소유권이전등기가 이루어지지 아니하였더라도 실제로 대금을 청산한 날에 양도소득세 과세대상이 되는 부동산에 대한 실질적 소유권의 이전이 있고 이로 인하여 양도소득이 성숙․확정되어 납세의무자나 과세관청이 양도소득세를 산출할 수 있는 단계에 이르렀다고 보기 때문이며, 부동산의 매매에 있어서는 그 부동산의 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었다면 대금청산이 있었다고 볼 수 있다(대법원 1989. 7. 11. 선고 88누8609 판결 참조). 또한, 부동산의 취득시기와 양도시기를 규정하고 있는 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 취지는 양도소득세 과세표준 산정에 있어서 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계규정들을 모순 없이 해석․적용하기 위해서 세무계산상 자산의 양도시기를 의제한 규정이라고 할 것이다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두6282 판결 참조).

라. 토지보상법에 의한 부동산의 수용 재결시 양도소득세의 신고․결정에 있어서 당해 토지 등의 양도시기에 관한 법령해석은 다음과 같다.

(1) 대금청산일에 해당하는 시기를 양도시기로 보되, 대금청산일 이전에 수용에 따른 소유권이전등기가 경료된 경우에는 그 소유권이전등기일을 양도시기로 본다.

(2) 수용에 있어서 대금청산일은, ① 수용대상 부동산의 소유자가 수용재결에 대하여 이의신청을 하지 않고 손실보상금을 수령한 경우에는 그 손실보상금을 수령한 날, ② 수용대상 부동산의 소유자가 수용재결에 대한 이의신청을 하면서 손실보상금의 수령을 거절함에 따라 사업시행자가 수용재결에서 정한 손실보상금액을 공탁한 후 이의재결절차 등에서 손실보상금이 증액되지 아니한 경우에는 손실보상금액의 공탁일, ③ 이의재결절차 등에서 손실보상금이 증액된 경우에는 최종적으로 증액된 보상금을 수령한 날(대법원 2005. 5. 13. 선고 2004두6914 판결 외)이다.

(3) 따라서 부동산의 소유자가 부동산의 소유권이전등기접수일 이후 보상금을 수령하거나 수용재결에 대한 장기간의 다툼이 있은 후 이의재결 등에서 보상금이 증액되지 않으면 당초 보상금 공탁일이 양도시가 되고, 보상금이 증액되면 통상 소유권이전등기 접수일이 증액보상금의 수령일보다 앞서므로 이때가 그 부동산의 양도시기가 된다.

마. 우리 위원회에서 대한주택공사(택지보상판매처)에 확인한 바에 의하며, 대한주택공사가 2006년부터 2008년 6까지 시행한 대규모 주택건설사업 및 혁신토시건설사업의 공익사업용 토지의 수용에 있어서 당초 보상금 공탁일과 수용개시일 사이의 시차는 다음과 같고, 대한주택공사는 「용지업무규정」 제21조 제3항의 규정에 의하여 공익사업용토지의 소유권이전등기시 등기원인일자는 수용재결서상의 ‘수용개시일’을 기재하고 있음이 확인된다.

당초 보상금 공탁일과 수용개시일 사이의 시차

(단위 : 개)

사업지구수	당 일	1일	2～4일	비 고
22	8	10	4

2.  문제점

가. 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에 등기접수일을 양도시기로 정한 것은 경험칙상 실제로 잔금이 지급된 직후(잔금수령과 등기에 필요한 서류의 교부가 거의 동시에 이루어짐)에 등기가 행하여지는 것이 보통이므로 외견상 소유권의 변동은 등기에 의하여 추정되고 특별한 사정이 없는 한 그 시기에 부동산의 양도로 발생한 소득이 성숙․확정되었다고 보는 것이 합리적이기 때문이다.

나. 토지수용법에 의하여 사업시행자가 취득하는 부동산은 「민법」의 특별법인 토지수용법에서 그 물권(소유권)의 변동시기를 수용개시일로 규정하고 있는데,

(1) 수용절차에 있어서 소유권이전등기는 공부정리를 통한 권리관계의 공시에 불과하여 물권변동에 직접적인 영향을 미치지 못하는 실정이고,

(2) 부동산의 수용에 대한 불만으로 공탁금을 수령하지 아니한 채 이의신청을 하고 그에 대한 이의재결 결과 보상금이 증액되지 아니하면 당초 보상금 공탁일이 양도시기가 되고, 증액이 되면 통상적 수용절차의 진행상 소유권이전등기접수일이 양도시기가 되는 바, 이는 부동산 물권의 변동을 반영하지 못하고 있을 뿐만 아니라 보상금 증액 여부 및 보상금 수령 여부에 따라 양도시기가 달라지게 되는 문제점을 안고 있다.

(3) 또한, 이는 양도소득세 과세표준 산정에 있어서 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 양도시기를 통일적으로 파악하고자 하는 관계법령의 취지에도 부합하지 않는다.

(4) 양도소득은 양도시기와 취득시기 사이에 발생한 가치상승의 차이에 대한 자본이득으로서 가치상승의 차익이 확정된는 때를 양도시기로 하는 것이 바람직하다고 할 것인데, 수용의 경우 소유권이전등기와 무관하게 수용개시일에 소유권이 변동되고 물권의 변동은 곧바로 보유기간 동안의 가치상승의 차익을 확정지을 수 있는 최후의 결정적 사건에 해당된다고 할 것이므로 이날을 양도시기로 정하여 양도소득을 산정하는 것이 양도소득의 개념에 보다 적합하다.

다. 부동산의 수용으로 인한 양도소득세 신고 또는 과세와 관련하여 발생하였거나 발생할 수 있는 문제점에 대하여 살펴보면,

(1) 우리 위원회에 토지 등의 수용과 관련하여 2006년 ～ 2007년 기간 접수된 양도시기에 대한 민원은 총 45건으로서, 이들은 기준시가에 의한 양도차익 산정 원칙이 적용되었던 2006. 12. 31. 이전에 부동산의 소유자가 수용 재결 후 보상금을 수령하지 않고 이의신청을 제기하자 사업시행자가 보상금을 공탁하였고 이의재결 또는 소송에서 보상금이 증액된 후 보상금을 수령한 사안들인데,

(2) 보상금은 당초보다 0.25% ～ 3% 정도 증액된 반면, 소유권이전등기접수일 전후를 기준으로 개별공시지가가 변경․고시되어 (개발계획에 따른 지가상승을 반영하여 해당 지역의 개별공시지가는 평균 25% 정도 상승함) 양도소득세 세부담은 증액된 보상금의 최소 2.5배에서 최대 17배까지 늘어났다.

(3) 2006. 1. 1.부터 실거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 하고 있어 동일한 유형의 민원발생은 감소할 것으로 예상되나, 현행 취득가액이 불분명한 경우에는 「소득세법」에서 기준시가에 의하여 환산하도록 하고 있기 때문에 소유권이전등기접수일 전․후로 개별공시지가가 변경․고시(통상적으로 개별공시지가는 상승 추세에 있음)되면 상대적으로 취득가액이 낮아지게 됨으로써 양도소득세의 부담이 증가하게 되는 등 여전히 동일한 문제점을 가지고 있다.

※ 취득가액이 불분명한 경우 취득가액 환산 산식

취득가액 = 양도가액 × 취득시 기준시가 / 양도시 기준시가

라. 결국, 현행 규정은 부동산의 수용 재결에 대한 불복이 장기화되는 경우 보상금의 증액 여부, 보상금의 수령 여부 및 사업시행자의 소유권이전등기 접수일에 따라 양도시기(과세시기)가 변동되므로, 동일한 사업지구내의 부동산 양도라도 사람마다 양도시기가 달라지고 과세소득의 산정에도 차이가 발생하여 과세형평에 문제가 있으며, 납세자는 납세의무 이행시기와 관련하여, 과세관청은 과세권 행사와 관련하여 각각 조세법률관계에 있어서 매우 불안정한 상태에 놓이게 된다.

3. 개선방안

○ 「소득세법 시행령」 제162조 제1항 제7호에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제45조의 규정에 의한 부동산의 수용의 경우에는 그 수용 개시일(다만, 수용개시일 전에 보상금을 수령한 경우를 제외한다)을 양도시기로 하는 규정을 신설한다.

[토지보상법상 수용개시일까지 보상금을 지급하도록 하고 있고(제40조 제1항), 수용개시일까지 보상금을 지급하지 않는 경우 수용재결의 효력이 상실되도록 규정하고 있는데(제42조 제1항), 대한주택공사의 공익사업용 토지의 수용실태에서 확인된 바와 같이 당초 보상금 공탁일과 수용개시일간의 시차가 거의 없다는 점에서 수용개시일을 양도시기로 하더라도 변제공탁으로서의 잔금청산일의 성격을 지닌 당초 보상금 공탁일을 양도시기로 하는 것과 사실상 동일한 정도의 법령개정목적을 달성할 수 있다고 판단된다]

※ 붙임 신ㆍ구조문 대비표 참조

4. 기대효과

○ 양도소득세 과세표준 산정에 있어서 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 자산의 양도시기를 통일적으로 파악하고자 하는 관계법령의 취지에 부응하고, 수용에 있어서 양도소득의 개념에 적합한 양도 및 취득시기 규정을 도입하여 과세체계를 합리적으로 보완하고 법적 안정성을 도모하며 양도시기와 관련한 납세자와 과세당국과의 다툼을 사전에 방지할 수 있다.

<신ㆍ구조문 대비표>

구 분	현행 법령	개선방안
「소득세법시행령」	제162조(양도 또는 취득시기)① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부에 기재된 등기․등록접수일 또는 명의개서일 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등기 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부․등록부 또는 명부 등에 기재된 등기 접수일 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는	제162조(양도 또는 취득시기)① ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 1.-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------2.---------------------------------------- ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 3.----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 4.--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

구 분	현행 법령	개선방안
「소득세법시행령」	사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다. 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날 6. 「민법」 제245조 제1항의 규정에 의하여 부동산의 소유권을 취득하는 경우에는 그 점유를 개시한 날 (신 설)	-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 5.------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 6--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 7.법 제94조 제1항 제1호에 해당하는 자산을「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제45조의 규정에 의하여 수용하는 경우에는 수용 개시일(다만, 수용개시일 이전에 보상금을 수령하는 경우를 제외한다)