국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 「부가가치세법」개정으로 인하여 지방자치단체가 공급하는 일부 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환됨에 따라 2007. 1. 1.이후 매입세액 미공제분 중 경정청구기간 도과된 분에 대한 공제 가능 여부
  

결정요지

참조법령

• ｢부가가치세법｣ 제12(면세), 같은 법 시행령 제38조(국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위)
  

주문

• 피신청인에게 신청인의 2008년 1기 ~ 2009년 2기 과세기간에 대한 공제신청 부가가치세 매입세액(406,596,859원)의 공제대상 적정 여부를 조사하고 그 결과에 따라 부가가치세를 경정할 것을 시정권고한다.
  

신청취지

신청원인

• 신청인은 〇〇시 〇〇구 〇〇로 〇〇번길 〇〇에 소재한 지방자치단체로서「부가가치세법」개정으로 2007. 1. 1.부터 수익사업으로 운영하는 부동산임대업 및 기타 시설 운영업 등이 부가가치세 면세에서 과세대상으로 전환됨에 따라 신청인이 운영하는 〇〇국민체육센터, 〇〇주민문화센터 및 기타 공영주차장 등(이하‘이 사업’이라 한다)에 대한 부가가치세를 신고․납부하였으며, 이 사업과 관련한 시설 조성 및 운영과 관련하여 2008년 1기부터 2009년 2기까지의 과세기간 중 총 6,845,138,566원(공급가액, 이하‘쟁점매입금액’이라 한다)을 지출하고 세금계산서를 수취하였음에도 부가가치세 과세사업분에 대한 매입세액을 공제받지 못하였는데 이를 뒤늦게 발견하고 2013. 6. 18. 과세분 매입세액의 환급을 구하는 고충을 피신청인에게 신청하였으나 경정청구기간 경과를 이유로 불수용하겠다는 구두 통지를 받은 바, 세법이 국세환급금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고 피신청인도 과오납 세금을 직권으로 경정하여 환급하여야 할 의무가 있으며 신청인과 동일한 사안에 대하여 다른 지방자치단체에게 과세관청이 직권으로 환급해주거나 국민권익위원회의 시정권고에 따라 환급해 주고 있으므로 경정청구기간 경과를 이유로 피신청인이 부가가치세를 환급하지 아니함은 부당하니 국세부과제척기간이 남아있는 쟁점매입금액 중 과세사업과 관련된 매입세액 406,596,859원(이하‘쟁점매입세액’이라 한다)을 공제하여 부가가치세를 경정하여 달라.
  

피신청인의 주장

• 「국세기본법」제45조의2에서 규정한 경정청구기간이 경과하였기에 신청인의 고충을 받아들일 수 없다.
  

사실관계

• 가. 지방자치단체인 신청인이 영위하고 있는 이 사업은「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정된 것) 제12조 제1항 제17호 및 같은 법 시행령 제38조 제3호에서 규정하고 있는‘부동산 임대업’ 및 ‘기타 운동시설 운영업’에 해당하므로 부가가치세 과세대상에 해당한다.
  나. 신청인은 다음【표 1】과 같이 이 사업과 관련한 시설을 신축하거나 유지·보수하며 부동산임대업과 기타 운동시설 운영업을 영위하면서 매출에 따른 부가가치세를 신고․납부해 오고 있다.
  다. 신청인은 2013. 6. 18. 피신청인에게 이 사업과 관련하여 2010년 이후 지출한2,570,692,475원 중 과세사업 관련 매입세액 85,613,517원에 대하여는 경정청구를, 쟁점매입세액에 대하여는 고충청구를 통하여 환급해 줄 것을 신청하였는데, 이에 대하여 피신청인은 2010년 이후분에 대하여는 경정청구에 대하여 서류 검토 중에 있으나, 쟁점매입세액에 대하여는 2013. 6. 28.「국세기본법」제45조의2 제1항의 규정에 의한 경정청구기간이 경과하였다는 이유로 신청인의 고충을 불수용 하겠다고 구두 통지를 하였다.
  라. `신청인은 피신청인에게 신청한 고충에 대한 결정을 구두로만 통지를 받았지만 쟁점매입세액 중 2008년 1기분에 대하여는 부과제척기간 만료일이 임박하여 부득이 2013. 7. 2. 2008년 1기 ~ 2009년 2기 매입거래분에 해당하는 지출액 중 과세사업 관련 매입세액에 대하여 당초 부가가치세 신고 시 매입세액공제가 누락되었으니 부가가치세를 환급해 달라는 고충민원을 우리 위원회에 신청하였는바 그 내역은 다음【표 2】와 같다.
  마. 신청인은 당초 신고 시 매입세액을 누락한 사유와 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못한 사유에 대하여, 지방자치단체의 경우 2007. 1. 1.「부가가치세법」개정 전에는 전체 사업이 면세사업으로 매입세액 공제제도가 없었으므로 매입세액공제를 하지 않았는데, 국세에 대한 전문지식 부족 및 업무의 미숙함으로 법령개정 후에도 종전의 신고방법대로 공제받지 못하는 매입세액으로 잘못 알고 부가가치세를 신고함으로써 관련 매입세액 공제를 누락하였다고 진술하고 있다.
  바. 한편, 신청인의 고충과 동일한 사유로 다른 지방자치단체들이 제기한 민원에 대하여, 우리 위원회는 시정권고 의결을 한 바 있고 해당 세무서장들이 이를 수용하여 부가가치세를 환급한 사례가 다수 존재하며, 다른 지방자치단체들이 관할 세무서장에게 직접 고충 신청하여 해당 세무서장들이 수용, 직권 경정한 사례도 다수 있다.
  

판단

• 가.「부가가치세법」(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정된 것) 제12조 제1항은“다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (중략) 17. 국가·지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라고,「부가가치세법 시행령」(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 제38조는“법 제12조제1항 제17호에서"대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호의 용역을 제외한 것을 말한다. 3. 부동산 임대업, 도·소매업, 음식·숙박업, 골프장·스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. (단서 생략)”이라고,「부가가치세법 시행령」(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정된 것) 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제26조제1항 제5호 및 제5호의2의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하고, 제38조제3호 및 제64조제3항 제1호의3의 개정규정은 2007. 1. 1.부터 시행한다.”라고 각각 규정하고 있고,「국세기본법」제45조의2 제1항은“과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (단서 생략)”라고 규정하고 있는 한편,「부가가치세법」제21조 제1항은“사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. (중략) 2. 확정 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우”라고 규정하고 있다.
  나. 살피건대, 피신청인은 신청인의 고충민원에 대하여「국세기본법」제45조의2에서 규정하는 경정청구기간을 경과하였다는 이유로 부가가치세 경정을 거부하고 있으나, 같은 법 제54조 제1항에서 국세환급금과 환급가산금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고 과오납한 세금에 대한 환급의무가 피신청인에게 있는 점, 같은 법 제26조의2 제1항 제3호에서 국세를 부과할 수 있는 기간(일반적인 경우의 국세부과제척기간)을 5년으로 정하고 있는 점, 경정청구기간이 경과된 경우에도 관할세무서장은 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류로 과다 신고 납부한 사실이 확인되면 국세부과제척기간 내에 경정할 수 있도록 예규(국세청 2009. 9. 29. 징세과-110, 국세청 1999. 3. 31 법인46012-1195, 재무부 1993. 4. 23. 세조46068-45 외 다수)를 실무상 적용하고 있는 점,「납세자보호사무처리규정」제25조 제2항에서 세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령․예규 등에 위배된 처분에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하도록 하고 있는 점, 신청인의 경우 이미 매출세액으로 신고·납부가 완료된 부가가치세에 대하여 매입세액을 공제하지 않는다면 결과적으로 부가가치세를 이중으로 부담하는 문제가 발생하는 점, 비록 신청인이 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못한 잘못이 있더라도「부가가치세법」개정으로 인하여 지방자치단체가 공급하는 일부 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환됨에 따라 2007. 1. 1.부터 부가가치세 신고를 처음 하게 되었고 부가가치세 업무에 서툴러 업무상 실수가 있었다는 주장에 수긍이 가는 점, 신청인과 동일한 사안에 대하여 위원회가 시정권고결정을 해온 점, 신청인에게 환급되는 부가가치세는 재정자립도가 취약한 지방자치단체의 재정으로 편입되어 공공재원으로 사용되므로 당초의 조세관계를 변경하더라도 공익의 침해정도가 미미한 점 , 비록 피신청인에게 제기한 고충청구에 대하여 불수용하겠다는 구두 통지를 받았으나 쟁점매입세액 중 2008년 제1기분에 대하여는 부과제척기간 만료일이 임박한 점 등을 종합적으로 고려할 때, 세법에 따라 명백히 공제하여야 할 세액을 착오로 납부 하였음에도 경정청구기간이 지났다는 사유만으로 피신청인이 이를 경정하지 아니한 것은 부당하다 할 것이다. 다만, 2008년 1기 ~ 2009년 2기 과세기간의 세금계산서상 공통매입세액 중 과세사업과 관련된 매입세액의 적정여부에 대하여는 피신청인의 확인이 필요하므로 신청인이 제출한 세금계산서 내용을 조사하여 그 결과에 따라 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 부가가치세 경정을 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고