국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

결정요지

참조법령

주문

• 피신청인에게 신청인이 2007년 사업연도에 지출한 연구 및 인력개발비 세액공제에 대하여 세액공제 대상금액을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정할 것을 시정권고한다.
  

신청취지

• 주문과 같다.
  

신청원인

• 신청인은 의류, 잡화 및 악세사리 제조와 도소매를 영위하는 중소기업으로 2011. 9.경 ○○지방국세청의 세무조사 과정에서 최종 임가공을 해외에서 하였다는 사유로 고용창출세액공제를 부인받고 2006년 ~ 2008년 사업연도의 법인세 약 ○○○원을 부과받았는데, 신청인은 2012. 1. 19. 그동안 청구하지 아니하였던 2007년 ~ 2008년 사업연도의 고유디자인 개발에 소요된 경비를 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 신청하였으나, 피신청인은 2007년 사업연도의 법인세는 경정청구기간이 경과하였다는 사유로 이를 각하하고, 2008년 사업연도의 법인세는 환급처분 하였는바, 피신청인은 동일 사안에 대하여 5개 연도에 걸쳐서 법인세를 부과하면서 신청인은 경정청구기간이 경과하였다는 사유만으로 환급을 거부하는 것은 부당하니 2007년 사업연도 법인세 ○○○원을 환급해 달라.
  

피신청인의 주장

• 「국세기본법」제45조의2의 단서조항에 따르면 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일이내 경정청구가 가능함에도 불구하고 신청인은 특별한 사유 없이 청구기한을 경과하여 접수하였는바, 당초 법인세 신고 시 세무대리인의 조력을 받아 세무조정 및 신고하였고 서울지방국세청의 세무조사결과에 따른 처분의 불복과정에 대한 관련 법령을 충분히 숙지하고 있었음에도 불구하고 이를 기한 내에 청구하지 아니한 신청인의 경정청구는 받아들일 수 없다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 의류 등을 디자인하여 제조하고 판매하는 중소기업으로 2007년 사업연도에 디자인개발비용 ○○○원을 지출하였으나, 이미 고용창출세액공제를 받고 있어서 과다한 세액공제에 대하여 부담을 느껴 디자인개발비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제 신청을 누락하였다고 주장하고 있다. 한편 신청인이 디자인개발비용에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제 신청으로 인하여 감면받을 수 있는 금액은 지출한 디자인비용의 15%에 해당하는 ○○○원이다.
  
  나. ○○지방국세청은 2011. 9. 신청인에 대한 세무조사에서 최종 임가공을 해외에서 한 물품은 고용창출세액공제 대상이 아니라고 하여 이를 부인하고, 2006년 ~ 2008년 사업연도 법인세 ○○○원을 부과하였고, 신청인은 이를 납부기한 내에 완납하였으나 현재 이에 대하여 조세심판원에 불복청구가 진행 중에 있다.
  
  다. 신청인은 2012. 1. 9. 2006년, 2007년과 2008년 지출한 의류 디자인에 소요된 비용에 대한 세액공제 경정청구를 신청하였는데, 2006년과 2007년분은 경정청구기간이 경과하였다는 사유로 2012. 3. 19. 각하 결정을 받았고, 2008년분에 대하여는 ○○○원을 환급받았음이 피신청인 회신문을 통하여 확인된다.
  
  라. 신청인은 중소기업에 속하지만 2011년 매출액이 약 ○○○원에 달하고 자산이 약 ○○○원에 달하여 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」의 적용 대상에 해당하며, 세무 신고도 세무사의 조력을 받았다고 진술하고 있다.
  
  마. 피신청인은 2011년 세무조사의 조사종결일이 2011. 6. 3.이므로 「국세기본법」제45조의2 제1항 단서 조항의 해당 처분의 있음을 안 날로부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있도록 하고 있으므로 신청인의 경정청구기한은 2011. 8. 3.에 만료되었다고 판단하여 각하하였으며, 신청인은 세무조사로 인하여 거액의 세금을 고지받고 징수유예준비 및 만기가 도래하는 회사채의 변제를 위한 자금조달 등으로 업무가 집중되어 미처 경정청구를 기한 내에 하지 못하였다고 주장하고 있다.
  

판단

• 가. 구 「조세특례제한법」(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항은 “내국인[도박장？무도장？유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구？인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고, 제1호는 “중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액”이라고, 가 목은 “해당과세연도에 발생한 연구？인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구？인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액”, 나 목은 “해당과세연도에 발생한 연구？인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액”이라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항은 “법 제10조제1항 본문에서 ‘대통령령이 정하는 비용’이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 “1. 기술개발 (가. ~ 바. 생략) 사. 고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용”이라고 규정하고 있고, 「국세기본법」제45조의2 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제26조의2 제1항은 “국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.”라고 규정하고, 제3호는 “제1호？제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간”으로 규정하고 있다.
  
  나. 신청인이 지출한 ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’이 「조세특례제한법」에서 정하는 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상 유무에 대하여는 피신청인도 이견이 없어 이는 쟁점에 해당하지 아니하므로, 「국세기본법」에서 정한 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 아니하였으므로 이 민원을 받아들일 수 없다는 피신청인의 주장만을 살펴보면, 과세관청은 과세 누락에 대하여 단기 5년에서 장기 15년의 부과제척기간을 적용하여 과세권을 행사하고 있으며, 조세행정에 있어서도 위법‧부당한 처분의 직권취소에 관한 법리의 적용이 배제되지 않으므로 최소한 과세관청이 과세권을 행사할 수 있는 기간 동안은 조세행정의 법적 안정성 등의 공익과 위법‧부당하나 처분의 직권취소로 인해 회복되는 당사자의 이익을 형량하여 직권취소할 수 있다고 보아야 할 것이고, 이 때 그 판단을 할 때에는 위법‧부당의 내용, 정도, 명백성, 그러한 처분이 이루어지게 된 경위를 고려할 때 당사자의 이익이 보호할 만한 가치가 있는 것인지, 당사자에게 회복되는 결과의 중요성, 그 직권취소가 조세행정에 미치는 영향 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 할 것이라고 해석(기획재정부 2011. 1. 24. 조세제도특례과-48 유권해석 참조)하고 있는 점, 과세표준이나 세액의 신고내용에 명백한 오류 등이 있는 경우 세무서장이 즉시 경정 결정할 수 있고(국세청 예규 2006. 1. 4. 서면2팀-13외 다수), 「납세자보호사무처리규정」제25조에 따라 세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령？예규 등에 위배된 처분, 과세표준․세액 등이 착오로 계산된 경우에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하여야 한다. 비록 신청인의 경우 외부 전문가의 조력을 받았고, 주식회사의 외부감사의 대상이 되는 법인에 해당하기는 하나, 중소기업에 해당하는 신청인이 약 ○○○원에 달하는 세금을 추징당한 후 이의신청 및 자금마련 등의 노력을 하는 사이 경정청구 기간이 경과하였다는 주장에 수긍이 가는 점, 세무조사는 납세자가 신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는지 여부에 대하여 과세관청에서 이를 조사하는 것으로 신청인에게 불리한 사항은 조사하여 이를 즉시 부과통보하면서 신청인에게 유리한 사항은 즉시 시정하지 아니하고 신청인이 경정청구를 통하여 환급받도록 유도하는 것은 행정편의주의적일 뿐만 아니라 「국세기본법」제15조에서 정하는 신의성실의 원칙에도 반하는 것으로 보이는 점, 신청인은 최근 5년간 체납사실이 없다는 점을 고려하면 경정청구기간 안에 경정청구를 하지 않았다는 이유만으로 이를 받아들이지 아니하는 것은 지나치게 형평성에 어긋나는 것으로 부당하다고 보이므로 피신청인은 신청인의 2007년 지출한 ‘고유디자인의 개발을 위한 비용’을 재조사하여 이에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하고 법인세를 환급하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 법인세 환급청구를 구하는 신청인의 주장이 상당한 이유가 있으므로「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고