국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

결정요지

참조법령

주문

• 피신청인에게 신청인에 대한 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지 과세기간의 아파트 매매계약 해제와 관련된 매출세액 ○○○원을 차감하여 부가가치세를 경정할 것을 시정권고한다.
  

신청취지

• 주문과 같다

신청원인

• 신청인은 부동산 신축판매업을 영위하는 시행사로서 경기 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○신도시 A블럭 ○○마을1단지 ○○아파트(이하 ‘쟁점 아파트’라 한다)를 신축하여 분양하면서 분양계약서에 따라 수령한 계약금 및 중도금에 대하여 분양계약자에게 세금계산서를 발행․교부하고 이에 대한 부가가치세를 신고․납부하였다.
  
  이후 리먼사태 등 글로벌 금융위기와 부동산 경기침체로 인해 분양계약자 중 일부가 분양계약을 해제하는 상황에 이르렀고, 이에 따라 신청인은 2012. 4. 20. ？ 2012. 6. 11.기간 중에 분양계약이 해제된 부분에 대하여 2012. 7. 25. 피신청인에게 경정청구를 하였는데, 피신청인은 경정청구기간 내에 해당하는 2007년 제1기부터 2009년 제2기까지의 매출세액 ○○○원을 차감하여 환급결정 하였으나, 경정청구기간이 경과한 2007년 제2기부터 2008년 제2기까지의 매출세액 ○○○원(이하 ‘쟁점 세액’이라 한다)에 대하여는 청구기간 경과를 이유로 이를 환급하지 아니하였다.
  
  신청인은 세무신고를 담당할 관리사원이 없어 경정청구기간을 놓치게 되었으나 부동산 경기침체 등으로 인해 어려움에 겪고 있는 신청인의 입장을 고려하여 신청인이 계약해제로 반환한 쟁점 세액을 환급하여 달라.
  

피신청인의 주장

• 「국세기본법」제45조의2에서 규정한 경정청구기간(사유발생일로부터 2개월)이 경과하였으므로 이 고충민원을 받아들일 수 없다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 쟁점 아파트의 분양수입금액 등과 관련하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
  
  나. 쟁점 아파트 중 분양계약이 해제된 일부 세대에 대한 분양계약 해제사실의 근거로서 관련 세금계산서 사본을 제시하고 있으며 이에 대하여는 신청인과 피신청인 사이에 다툼이 없는 것으로 나타난다.
  
  다. 신청인은 2012. 4. 27. 및 2012. 7. 25. 2회에 걸쳐 경정청구를 하였는데, 이에 대하여 피신청인은 「국세기본법」 제45조의2 제2항에 따른 계약해제 사유가 발생한 날로부터 2개월 내에 청구한 것에 대하여는 환급결정을 하였으나, 2개월이 경과한 분에 대하여는 경정청구기간 경과를 이유로 환급을 거부한 것으로 나타난다.
  
  라. 신청인은 자산과 부채의 규모가 ○○○억원 이상인 것으로 나타나 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」의 규정에 따른 외부회계감사 대상자(자산기준 100억 이상, 부채기준 70억 이상)에 해당한다.
  
  마. 한편, 수정세금계산서에 대하여는 작성일자를 기준으로 하여 수정신고나 경정청구를 하도록 규정하고 있는데, 계약해제 등의 사유로 인한 수정세금계산서 발급 방법에 대한 연혁을 살펴보면, 당초에는 사유발생일이 속한 과세기간에 수정세금계산서를 발급하도록 되어 있었다가, 2007. 2. 28. 「부가가치세법 시행령」 개정으로 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 주서 또는 부의 표시를 하여 발급하는 것으로 변경되었고, 2012. 1. 15. 같은 시행령 개정으로 계약해제일을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기하여 발급하도록 개정되었다.
  
  바. 우리 위원회는「국세기본법」제45조의2에서 정한 경정청구기간을 경과한 민원에 대하여 여러 사정들을 고려하여 직권시정을 통한 조세관계의 교정이 조세 정의에 부합하다고 판단되는 경우에는 과세관청에 시정권고를 하였고(2BA-1005- 012270 법인세감면요청 2010. 6. 29. 의결, 2AA-1003-020679 법인세환급 등 2010. 3. 22. 의결, 2BA-1106-127474 부가가치세 환급청구 2011. 9. 5. 의결 외 다수), 과세관청은 우리 위원회의 시정권고에 따라 과세권자에게 부여된 부과권을 행사하여 감액경정 또는 결정취소를 함으로써 위원회의 시정권고를 수용해 온 사실이 있다.

판단

• 가. 「부가가치세법」 제21조 제1항은 “사업장 관할세무서장？사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 “사업장 관할 세무서장등”이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다. 2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루가 있는 경우”라고, 「국세기본법」 제45조의2 제2항은 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때”라고, 같은 법 시행령 제25조의2는 “법 제45조의2제2항제5호에서 ”대통령령으로 정하는 사유“라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 2. 최초의 신고？결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우”라고 각각 규정하고 있다.
  
  국세청은 “경정청구기간이 도과된 경우에도 관할세무서장은 과세표준과 세액의 신고내용에 명백한 오류로 과다 신고납부한 사실이 확인되면 국세부과제척기간 내에 경정할 수 있습니다.”라고 회신(국세청 2009. 9. 29, 징세과-110)하고 있고, 기획재정부 및 국세청은 경정청구기간을 경과한 경우라도 사실관계를 조사하여 세무서장이 보유한 부과권에 의하여 감액경정이 가능하다고 일관되게 해석(재무부 1993. 4. 23. 재세조46068-45, 국세청 1999. 3. 31. 법인46012-1195 외 다수)하고 있다.
  
  나. 신청인이 「국세기본법」제45조의2 제2항에서 정한 경정청구기간(사유발생일로부터 2개월) 내에 경정청구를 하지 아니하였으므로 부가가치세를 경정할 수 없다는 피신청인의 주장에 대하여 살펴보면, 비록 신청인의 실수로 경정청구기간을 경과한 잘못이 있으나, 일반적인 경정청구기간에 비해 후발적 사유에 따른 경정청구기간은 2개월로 비교적 단기간인 점, 「국세기본법」제54조 제1항에서 국세환급금과 환급가산금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고 과오납한 세금에 대한 환급의무가 피신청인에게 있는 점, 「납세자보호사무처리규정」제25조 제2항은 “세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령？예규 등에 위배된 처분에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하여야 한다.”라고 하고 있는 점, 국세청은 경정청구기간을 경과한 경우라도 사실관계를 조사하여 세무서장이 보유한 부과권에 의하여 감액경정이 가능하다고 일관되게 해석하고 있으며, 관세관청은 위 예규 등에 근거하여 사실관계가 확인되는 경우 사안에 따라 직권시정한 사례가 다수 있는 점, 조세심판원에서도 법인세 면제신청을 하지 않았다 하더라도 법인세 면제요건에 해당하는 경우에는 경청청구기간이 경과하였어도 법인세를 환급하라고 결정한 점(조세심판원 2005. 4. 22. 결정 2004중2993), 계약해제분에 대하여 매출세액에서 차감하지 않는다면 이를 재판매시 부가가치세를 납부하여야하므로 하나의 물건에 대하여 이중으로 부가가치세를 부담하는 문제가 발생하는 점, 쟁점 아파트 중 일부에 대하여 분양계약이 해제된 사실에는 다툼이 없고 피신청인은 경정청구기간 내에 해당하는 분에 대하여 환급결정한 사실, 우리 위원회는 경정청구기간이 경과하였을지라도 신고 또는 결정에 오류가 발견되고 이러한 오류를 교정하는 것이 조세 정의에 부합하다고 판단되는 경우에는 시정권고 하였으며 과세관청이 이를 수용한 사실 등을 종합적으로 고려해 볼 때, 피신청인이 신청인의 여러 사정을 검토한 후 직권시정 여부를 판단할 수 있음에도 불구하고 이를 고려하지 아니한 채 경정청구기간 경과만을 이유로 이 건 아파트계약 해지와 관련한 부가가치세를 경정하지 아니한 것은 부당하다 할 것이다. 따라서 피신청인은 2007년 2기부터 2008년 제2기까지의 과세기간 중 계약해지와 관련된 부가가치세 합계 ○○○원을 매출세액에서 차감하여 각 과세기간의 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 부가가치세 경정을 구하는 신청인의 주장은 상당한 이유가 있으므로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고