국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 화물차를 매입하여 특수구조용 화물차로 구조를 변경하는 경우 화물차 출고일로부터 통상 1개월이 소요된 후 자동차등록증을 발급받을 수 있어 과세기간에서 요구하는 자동차등록증을 구비하여 사업자등록신청을 할 수 없는 경우에도 화물차 매입에 따른 부가가치세를 매입세액으로 공제할 수 있는지 여부
  

결정요지

• 피신청인(납세자보호담당관)은 신규로 사업을 개시하는 자가 사업자등록을 신청하는 때에 법령에 정한 서류의 구비여부 및 기재사항의 누락 유무를 검토하여 서류가 미비되었거나 기재사항이 누락된 경우에는 이를 보완하도록 민원사무처리규정에 명시되어 있으나, 신청인을 대리하여 사업자등록을 신청한 주식회사 ○○○○ 대표 박○○에게 보정 등을 요구하지 않은 채 사업자등록접수를 거부한 것으로 보이는 점, 사업자등록신청시 구비서류 등이 미비하더라도 사업자등록증을 먼저 발급하고 관계법령에 따라 사업자등록 사후관리를 하는 점, 신청인은 일반화물차를 매입한 후 탱크로리를 제작・부착한 후 특수용도용 화물차로 구조를 변경하여 유류 운수업을 영위하는 점, 특수용도용 화물차로 구조를 변경하는 경우 화물자동차운송사업협회로부터 화물운송사업 구조변경에 대한 허가를 받아야 하는 점, 신청인은 이 화물차 출고일부터 약 1개월이 소요되어 자동차등록증을 발급받은 점, 피신청인이 요구하는 구비서류(자동차등록증)를 갖추어서 사업자등록을 신청할 경우 화물운송업을 영위하는 모든 사업자들은 화물차 매입관련 매입세액을 공제받을 수 없는 점, 신청인은 대출금으로 이 화물차 매입대금을 지급한 후 현재 매월 분할하여 상환하는 점 등을 종합적으로 고려할 때 신청인이 이 화물차를 매입하여 유류운수업을 영위하고자 구조를 변경함에 따라 사업자등록신청이 부득이 지연되었다 할 것이다. 따라서 피신청인은 이 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 바람직하다고 판단한다.
  

참조법령

• ｢부가가치세법｣ 제5조(등록), 제17조(납부세액), 제21조(결정과 경정) ｢부가가치세법 시행령｣ 제7조(등록신청과 등록증발급), 제60조(매입세액의 범위), ｢부가가치세법 시행규칙｣ 제3조(개업일의 기준)
  

주문

• 피신청인에게 신청인이 2010년 2기 과세기간에 주식회사 ○○특수로부터 교부받은 세금계산서 매입세액 ○○원을 매출세액에서 공제하고 부가가치세를 환급할 것을 의견표명한다.
  

신청취지

신청원인

• 신청인은 인천 ○○구 ○○동 ○○○ ○○○○센타 17동 234호에 소재한 주식회사 ○○특수의 지입차주로서, 유류운수업을 영위하기 위해 2010. 9. 28. ○○자동차 주식회사로부터 메가트럭(이하 ‘이 화물차’라 한다)을 매입하여 주식회사 ○○특수로부터 공급가액 ○○원의 세금계산서(이하 ‘이 세금계산서’라 한다)를 교부받았으나 2010년 2기 과세기간에 이 세금계산서의 매입세액 ○○원을 매출세액에서 공제하지 않고 부가가치세를 신고・납부하여 2011. 3. 2. 피신청인에게 경정청구를 하였는데, 피신청인은 신청인이 이 세금계산서를 교부받고 20일이 경과한 후 사업자등록을 신청하였다며 이 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 불공제(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였는바, 신청인은 이 세금계산서를 교부받고 피신청인을 방문하여 이 화물차에 대한 사업자등록신청을 접수하였으나 피신청인이 자동차등록증, 지입계약서 등의 구비서류가 없다며 사업자등록신청 접수를 거부하여 할 수 없이 자동차증록증이 발급된 후에 사업자등록을 신청하여 사업자등록증을 발급받게 된 것이고, 신청인의 경우 유류 운반이 사업목적이었기 때문에 이 화물차를 매입한 후 특장차량(유류운반을 위한 탱크로리부착)으로 구조를 변경하여 자동차등록증을 발급받았으며, 특장차량으로의 구조변경은 ｢자동차관리법｣에 따라 국토해양부장관이 승인한 특장차량 제작업체에 화물차를 입고, 탱크로리를 제작・부착한 후 자동차안전성능시험연구소의 안전도 검사 등을 거쳐 이상이 없는 경우에만 자동차등록증이 발급되어 피신청인이 사업자등록신청시 요구하는 자동차등록증 등의 구비서류 제출은 통상 화물차 출고일부터 1개월 정도 소요됨에도 피신청인이 이러한 특수사정을 감안하지 않고 이 세금계산서의 매입세액을 공제하지 않는 처분은 억울하니, 신청인의 어려운 여건(이 화물차 구입시 ○○원을 대출받아 24개월 분할 상환) 등을 고려해 부가가치세를 환급하여 달라.
  

피신청인의 주장

• 사업개시 후에 등록한 사업자는 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 이내에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 있으나, 신청인은 2010. 11. 1. 사업자등록을 신청하였으므로 2010. 9. 29. 수취한 이 세금계산서는 등록전 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 이 처분은 정당하므로 신청인의 주장을 수용할 수 없다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 2010. 9. 29. 주식회사 ○○특수로부터 이 화물차 매입과 관련하여 공급가액 ○○원, 세액 ○○원의 세금계산서를 교부받았고, 2010. 11. 1. 상호를 ○○특수로, 개업일을 2010. 10. 1.로 하여 피신청인에게 사업자등록을 신청한 후 같은 날 사업자등록증을 교부받았다.
  나. 신청인은 2010년 2기 과세기간에 대한 부가가치세를 신고・납부하면서 이 세금계산서와 탱크로리 제작관련 세금계산서(공급일 2010. 10. 27., 공급가액 ○○원)를 매입세액으로 공제하지 않아 2011. 3. 2. 경정청구 하였으나, 피신청인은 탱크로리 제작관련 세금계산서는 공제가능 매입세액으로 보아 환급하였으나 이 세금계산서는 등록전 매입세액으로 보아 불공제하였다.
  다. 신청인은 인천 ○○청장으로부터 2010. 11. 1. 이 화물차에 대한 자동차등록증를 발급(자동차등록번호 인천○○바****, 차종 대형화물, 차명 삼오10KL중질유탱크로리, 연식 2010)받았다.
  라. 신청 외 주식회사 ○○특장자동차 대표 김○○는 ○○자동차 주식회사에서 제작된 이 화물차가 2010. 9. 28. 당사에 입고되어 특장차량(변경전：7톤카고트럭, 변경후：삼오10KL중질유탱크로리)으로 제작하여 자동차안전성능시험연구소에서 안전도 검사를 득한 후 2010. 10. 27. 완성차로 출고되었음을 확인하였고, 자동차제작증에는 “본 차량은 임시운행허가 미발급 차량입니다.”라고 기재되어 있다.
  마. 이 세금계산서를 교부한 주식회사 ○○특수 공동대표 박○○은 “2010. 10. 27. 주식회사 ○○특장자동차로부터 삼오10KL탱크로리완성차로 제작된 이 화물차를 제작증과 함께 인수받아 2010. 11. 1. 등록세를 납부하고 자동차등록증을 발급받은 후, 같은 날 피신청인에게 자동차등록증, 위수탁관리계약서 등을 첨부하여 사업자등록을 신청하여 사업자등록증을 발급받았다.”라는 내용의 확인서를 우리 위원회에 제출하였고, “당초 이 세금계산서를 신청인에게 교부한 후 피신청인을 방문하여 신청인의 사업자등록을 신청하였으나, 피신청인이 자동차등록증 등을 요구하여 자동차등록증을 발급받은 후 사업자등록을 신청하게 되었다.”라고 진술하였다.
  ※ 통상 화물 및 중기의 사업자등록신청(부가가치세 신고포함)은 지입법인에서 대행
  바.일반형・밴형・덤프형 또는 공급제한 특수용도형 화물자동차를 공급허용 특수용도형 화물자동차 또는 냉장냉동용 차량으로 구조를 변경하는 경우 화물자동차운송사업협회로부터 화물운송사업 구조변경 허가를 받도록 되어 있다.
  사. 신청인은 ○○커머셜(상용차 및 건설장비금융업)로부터 ○○원을 대출(24개월 분할상환)받아 이 자동차의 매입대금으로 지급하였으며, 현재도 매월 상환하고 있다.
  아. 우리 위원회에서 중기 및 화물자동차의 사업자등록신청에 대하여 조사한바, 세무관서는 사업자등록신청 접수시 자동차등록증 등을 구비서류로 신청자에게 요구하고 이러한 구비서류가 미비한 경우 접수를 반려(거부)하는 경우도 있고, 일단 사업자등록증을 교부한 후 사후관리를 통해 구비서류 등을 추가를 제출받아 보완하는 경우 등도 있음이 확인되었다.
  

판단

• 가. ｢부가가치세법｣ 제5조 제1항은 “사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.”라고, 제6항은 “사업자가 폐업하거나 제1항 단서에 따라 등록한 후 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에는 사업장 관할 세무서장은 지체 없이 그 등록을 말소하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제7조 제1항은 “법 제5조 제1항에 따라 등록하려는 사업자는 사업장마다 다음 각 호의 사항을 적은 사업자등록신청서를 세무서장에게 제출하여야 한다.(단서생략) 1. 사업자의 인적사항. 2. 사업자등록신청사유. 3. 사업개시연월일 또는 사업장설치 착수연월일. 4. 기타 참고사항”이라고, 제2항은 “제1항의 신청서에는 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 다만, 법 제5조 제1항 단서의 경우에 해당 법인의 설립등기전 또는 사업의 허가・등록이나 신고전에 등록을 하는 때에는 법인설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본이나 사업계획서로 이에 갈음할 수 있다. 1. 삭제. 2. 법령에 의하여 허가를 받거나 등록 또는 신고를 하여야 하는 사업의 경우에는 사업허가증 사본・사업등록증 사본 또는 신고필증 사본. 3. 사업장을 임차한 경우에는 임대차계약서 사본(이하생략).”이라고, 제3항은 “제1항의 신청을 받은 세무서장은 사업자의 인적사항과 그 밖에 필요한 사항을 기재한 사업자등록증을 신청일부터 3일 이내에 신청자에게 발급하여야 한다. 다만, 사업장시설이나 사업현황을 확인하기 위하여 국세청장이 필요하다고 인정하는 경우에는 발급기한을 5일 이내에서 연장하고 조사한 사실에 따라 사업자등록증을 발급할 수 있다.”라고, 제10항은 “관할세무서장은 제1항 및 제2항에 따른 등록신청의 내용을 보정(補正)할 필요가 있다고 인정되는 때에는 10일 이내의 기간을 정하여 보정을 요구할 수 있다. 이 경우 해당 보정기간은 제3항 본문 및 단서에 따른 기간에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제3조는 “｢부가가치세법｣(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항에 규정하는 사업개시일은 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 해당 사업이 법령의 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세전환일로 한다. 1. 제조업에 있어서는 제조장별로 재화의 제조를 개시하는 날. 2. 광업에 있어서는 사업장별로 광물의 채취・채광을 개시하는 날. 3. 기타의 사업에 있어서는 재화 또는 용역의 공급을 개시하는 날”이라고 규정하고 있다.
  나. 또한 ｢부가가치세법｣ 제17조 제2항은 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 5. 제5조 제1항 또는 제2항에 따른 등록을 하기 전의 매입세액. 다만 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제60조 제8항은 “법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.”라고, 제9항은 “법 제17조 제2항 제5호 단서에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일이내의 것을 말한다.”라고 규정하고 있다.
  다. 살피건대, 피신청인(납세자보호담당관)은 신규로 사업을 개시하는 자가 사업자등록을 신청하는 때에 법령에 정한 서류의 구비여부 및 기재사항의 누락 유무를 검토하여 서류가 미비되었거나 기재사항이 누락된 경우에는 이를 보완하도록 민원사무처리규정에 명시되어 있으나, 신청인을 대리하여 사업자등록을 신청한 주식회사 한정특수 대표 박○○에게 보정 등을 요구하지 않은 채 사업자등록접수를 거부한 것으로 보이는 점, 사업자등록신청시 구비서류 등이 미비하더라도 사업자등록증을 먼저 발급하고 관계법령에 따라 사업자등록 사후관리를 하는 점, 신청인은 일반화물차를 매입한 후 탱크로리를 제작・부착한 후 특수용도용 화물차로 구조를 변경하여 유류 운수업을 영위하는 점, 특수용도용 화물차로 구조를 변경하는 경우 화물자동차운송사업협회로부터 화물운송사업 구조변경에 대한 허가를 받아야 하는 점, 신청인은 이 화물차 출고일부터 약 1개월이 소요되어 자동차등록증을 발급받은 점, 피신청인이 요구하는 구비서류(자동차등록증)를 갖추어서 사업자등록을 신청할 경우 화물운송업을 영위하는 모든 사업자들은 화물차 매입관련 매입세액을 공제받을 수 없는 점, 신청인은 대출금으로 이 화물차 매입대금을 지급한 후 현재 매월 분할하여 상환하는 점 등을 종합적으로 고려할 때 신청인이 이 화물차를 매입하여 유류운수업을 영위하고자 구조를 변경함에 따라 사업자등록신청이 부득이 지연되었다 할 것이다. 따라서 피신청인은 이 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것이 바람직하다고 판단한다.
  

결론

• 그렇다면 신청인의 주장이 상당한 이유가 있다고 인정되므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제2항에 따라 피신청인에게 의견을 표명하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 의견표명