국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 지방자치단체인 신청인이 과세전적부심사・이의신청・심사청구・행정소송 등의 법이 정하는 절차를 통하여 불복청구를 하지 아니하고, 불복청구기한이 경과한 이후에 ○○세무서 납세자보호담당관에게 고충민원을 신청한 경우 이를 경정하는 것이 타당한 것인지 여부
  

결정요지

• 비록 신청인은 지방자치단체이지만 이 사건 부가가치세 경정요청과 관련하여 국민에 지위에 준하는 지위에 있으므로 고충민원의 신청인 적격이 인정된다고 할 수 있고, 신청인이 ｢국세기본법｣에서 정한 경정청구 기간 내에 경정청구를 하지 아니하였으므로 당초 신고를 경정할 수 없다는 피신청인의 주장을 살펴보면, 국가기관인 신청인이 비록 경정청구기간을 도과하게 된 잘못이 있는 점은 사실이나, 신청인이 ｢부가가치세법｣의 개정으로 인하여 지방자치단체가 공급하는 일부 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환됨에 따라 2007년 사업연도부터 부가가치세 신고를 처음으로 하게 되어 업무의 실수가 있었음이 인정되는 점, 비록 경정청구기간을 도과하였으나 ｢국세기본법｣ 제54조 제1항에서 국세환급금과 환급가산금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고, 과오납한 세금에 대한 환급의무가 피신청인에게 있음은 자명한 것으로 보이는 점, 이미 매출세액으로 신고・납부가 완료된 부가가치세에 대하여 매입세액을 공제하지 않는 것은 부가가치세를 이중으로 부과하는 명백한 오류가 발생하는 점, 비록 신청인이 지방자치단체로 영세사업자를 보호하기 위한 고충민원의 취지와 맞지 않는다고 피신청인은 주장하고 있으나 ｢납세자보호사무처리규정｣ 제25조에서 ‘세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령・예규 등에 위배된 처분에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하여야 한다’라고 하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 명백히 세법에 위배된 처분을 경정청구기간을 도과하였다는 사유만으로 경정하지 아니한 피신청인의 처분은 위법 부당하므로 신청인의 2007년 제1기분 부가가치세 매입세액 ○○원을 공제하여 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

참조법령

• ｢부가가치세법｣(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제38조, ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항
  

주문

• 피신청인에게 신청인의 2007년 제1기분 부가가치세에서 매입세액 ○○원을 공제하여 경정할 것을 시정권고한다.
  

신청취지

신청원인

• 신청인은 ○○에 소재한 지방자치단체로서 2006. 8. 21. ~ 2007. 11. 15.을 공사기간으로 하여 문화체육센터(건물용도：수영장, 헬스장, 실내골프연습장, 종합체육관 등)를 건립하는 과정에서 2007년도 제1기분 부가가치세 확정신고시 ○○종합건설(주) 외 6개 회사로부터 수취한 매입세금계산서 합계액 ○○원을 누락하여 신고하였고 이 사실을 2010. 12.에 발견하여 2010. 12. 28. 피신청인에게 고충신청서를 제출하였으나, 피신청인은 경정청구기간이 도과하였다는 사유로 신청인의 고충민원을 기각하였는 바, 비록 매입세액을 신고하지 못하고 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 못한 사유는 신청인에게 있으나 이는 2006. 2. 9. ｢부가가치세법 시행령｣의 개정에 따라 담당자가 미처 업무를 숙지하지 못하여 발생한 단순 과실에 불과하며 세금계산서를 발행한 업체들이 매출세액을 신고・납부한 부가가치세에 대하여 매입세액을 공제하여 주지 않는 것은 부가가치세를 이중으로 부과하는 것이므로 관련 매입세액을 환급해달라.
  

피신청인의 주장

• 신청인은 과세전적부심사・이의신청・심사청구・행정소송 등의 법이 정하는 절차를 거쳐 충분히 권리구제를 받을 수 있었음에도 불구하고 불복청구를 하지 아니하였고, 불복청구기한이 경과한 이후인 2010. 12. 28.에 ○○세무서 납세자보호담당관에게 고충민원을 신청하였는 바, 신청인은 지방자치단체로 불복청구 기한 내에 세법 개정의 내용을 숙지할 수 없었던 특별한 사정이 있었다고 보기 어렵고, 세법의 무지를 주장할 만한 영세납세자에 해당된다고 볼 수 없으므로 당초 처분이 정당하다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 지방자치단체로 ｢부가가치세법｣ 제12조 제1항 제17호 및 동법 시행령 제38조 제3호에서 규정한 ‘기타 운동시설 운영업’에 해당하는 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세 과세사업자에 해당한다.
  나. 신청인은 ○○문화체육센터 신축공사를 진행하면서 2007년 제1기분 부가가치세와 관련하여 매입세액으로 공제받지 못하였다고 주장하고 있으며, 피신청인도 이에 대하여 이견이 없으며, 이에 대응하는 발행업체의 매출세액이 모두 신고・납부 되었다는 사실을 유선으로 확인해주었다.
  다. 신청인은 2010. 12. 28. 피신청인에게 고충신청서를 제출하였으나 납세자보호위원회에서는 ‘｢국세기본법｣ 제45조의 2 제1항에서 규정한 경정청구 기간이 도과하였고, 세무환경이 취약한 영세사업자의 권익보호를 목적으로 하는 고충청구의 취지에 비추어 고충신청을 받아들일 수 없다’고 거부하였다.
  라. 신청인에게 불복청구기한을 경과하여 민원을 제출한 사유를 물어보자 ‘2006. 2. 9. 부가가치세법의 개정으로 기타 운동시설 운영업과 관련하여 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역도 과세사업으로 전환됨에 따라 담당자의 업무 실수로 인하여 최초 과세연도인 2007년 제1기분에 대하여 매입세액 공제 신청을 누락하였고, 누락 사실도 2010. 12.에 인지하게 되어 경정청구를 하려고 하였으나 기한이 이미 도과하여 고충민원으로 제출하였다’고 진술하였다.
  

판단

• 가. ｢부가가치세법｣(2007. 12. 31. 법률 제8826호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항은 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 17. 국가・지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정하고 있고, 동법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제38조는 “법 제12조 제1항 제17호에서 ‘대통령령이 정하는 것’이라 함은 다음 각호의 용역을 제외한 것을 말한다. 3. 부동산 임대업, 도・소매업, 음식・숙박업, 골프장・스키장운영업, 기타 운동시설 운영업”이라고 규정하고 있으며, ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있으며, 같은 법 제54조 제1항은 “납세자의 국세환급금과 국세환급가산금에 관한 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다.”라고 규정하고 있다.
  나. 비록 신청인은 지방자치단체이지만 이 사건 부가가치세 경정요청과 관련하여 국민에 지위에 준하는 지위에 있으므로 고충민원의 신청인 적격이 인정된다고 할 수 있고, 신청인이 주장하는 매입세금계산서의 신고누락 및 매입세액 불공제에 관한 내용은 피신청인도 인정하고 있어 이 민원의 쟁점이 아니므로, 신청인이 ｢국세기본법｣에서 정한 경정청구 기간 내에 경정청구를 하지 아니하였으므로 당초 신고를 경정할 수 없다는 피신청인의 주장을 살펴보면, 국가기관인 신청인이 비록 경정청구기간을 도과하게 된 잘못이 있는 점은 사실이나, 신청인이 ｢부가가치세법｣의 개정으로 인하여 지방자치단체가 공급하는 일부 재화 또는 용역이 면세에서 과세로 전환됨에 따라 2007년 사업연도부터 부가가치세 신고를 처음으로 하게 되어 업무의 실수가 있었음이 인정되는 점, 비록 경정청구기간을 도과하였으나 ｢국세기본법｣ 제54조 제1항에서 국세환급금과 환급가산금에 대한 권리의 소멸시효를 5년으로 규정하고 있고, 과오납한 세금에 대한 환급의무가 피신청인에게 있음은 자명한 것으로 보이는 점, 이미 매출세액으로 신고・납부가 완료된 부가가치세에 대하여 매입세액을 공제하지 않는 것은 부가가치세를 이중으로 부과하는 명백한 오류가 발생하는 점, 비록 신청인이 지방자치단체로 영세사업자를 보호하기 위한 고충민원의 취지와 맞지 않는다고 피신청인은 주장하고 있으나 ｢납세자보호사무처리규정｣ 제25조에서 ‘세법에 명백히 위배된 처분이나 훈령・예규 등에 위배된 처분에 대하여는 세무서장 또는 지방국세청장이 직권으로 시정하여야 한다’라고 하고 있는 점 등에 비추어 볼 때 명백히 세법에 위배된 처분을 경정청구기간을 도과하였다는 사유만으로 경정하지 아니한 피신청인의 처분은 위법 부당하므로 신청인의 2007년 제1기분 부가가치세 매입세액 ○○원을 공제하여 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고