국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 실제 종교목적으로 직접 사용한 부동산을 실질과세원칙 및 현황과세원칙에 따라 재산세 및 취득세 등을 를 비과세할 수 있는지 여부
  

결정요지

• 신청인은 이 토지를 매입한 이후인 2003. 11. 15. 이 토지에 성전을 건축하기로 결의한 사실이 당회록에 의하여 확인되는 점, 피신청인이 2007. 1. 8. 실시한 이 건물에 대한 현장확인시 담임목사 신○○은 “평일에는 운동시설, 주말에는 예배 등에 사용한다”고 진술한 점, 신청인은 이 건물에서 2006. 12. 7. 입당감사예배를 드린 이후 현재까지 이 건물에서 예배를 드리고 있음이 주보 등에 의하여 확인되는 점, 신청인은 이 건물 지하 1, 2층의 임대 및 1층 탁구교실 등의 운영에 따른 수입금액을 신고하기 위하여 ○○세무서장에게 개업일을 2006. 11. 1.로 하여 사업자등록증을 교부받은 점, 신청인은 부가가치세 신고시 부동산임대 수입금액 외에 1층 ○○홀 및 ○○홀과 지하1층 ○○홀에서 발생한 탁구교실 운영수입에 대하여만 부가가치세를 신고한 점, 피신청인도 2010년도 재산세부과와 관련된 현황조사에서 이 건물 총 연면적 9,896.31㎡ 중 7,082,83㎡(주차장 이용부분은 안분계산함)는 신청인이 종교활동에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2010. 7월 정기분 재산세는 부과취소 후 재부과할 예정임을 회신한 점, 종교단체가 방과 후 학교, 지역아동센터 등의 형태로 운영하는 것은 종교활동(선교활동)의 일환으로 진행되는 것으로서 이러한 운영방법은 종교적 실천의 가장 보편적인 형태이고 포교의 가장 효과적인 수단으로서 종교단체 활동에 일반적으로 수반되는 사업에 해당하는 점(서울고등법원 2004. 7. 28. 선고 2003누15210 판결) 등을 종합적으로 고려할 때 신청인은 이 건물의 사용승인 이후부터 현재까지 이 건물 중 2층, 3층 및 4층 등 합계 4,807.64㎡를 종교목적으로 직접 사용하였다 할 것이다. 따라서 피신청인은 신청인에게 부과한 재산세 부과처분에 대하여 이 건물 중 신청인이 종교목적에 직접 사용한 면적과 공용면적인 지하1층 및 1층의 주차장 면적을 안분하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

참조법령

• ｢지방세법｣ 제107조(취득세용도구분에 대한 비과세)・제127조(등록세용도구분에 대한 비과세)・제186조(재산세 용도구분에 대한 비과세)
  

주문

• 1) 피신청인에게 신청인 소유의 경기 ○○시 ○○구 ○○동 1004 소재 토지 및 건물에 대한 취득세, 등록세, 재산세(’07. 1. 20~’09. 9.30) 세목 중 재산세 부과처분은 종교목적에 직접 사용한 면적과 공용면적인 지하1층 및 1층의 주차장 면적을 안분하여 그 과세표준과 세액을 경정할 것을 시정권고한다.
  
  2) 신청인의 나머지 신청을 기각한다.
  

신청취지

신청원인

• 신청인은 2003. 10. 30. 신청외 김○○으로부터 경기 ○○시 ○○구 ○○동 1004 토지 3,237.9㎡(이하 ‘이 토지’라 한다)를 ○○원에 매매로 취득한 후 위 지상 건물 9,917㎡(이하 ‘이 건물’이라 한다)를 주식회사 ○○건설과 도급금액 ○○원에 신축하기로 계약하고 완공한 후 2006. 11. 28. 피신청인으로부터 운동시설로 이 건물의 사용승인을 받고 2007. 1. 2. 이 건물의 취득세(농특세포함) ○○원 및 등록세(지방교육세포함) ○○원 등 합계 ○○원을, 같은 달 29일 이 토지의 취득세(농특세포함) ○○원 및 등록세(지방교육세포함) ○○원 등 합계 ○○원을 각 신고・납부하였으며, 피신청인이 이 토지 및 건물에 대한 2007년도분 재산세 ○○원 및 ○○원, 2008년도분 재산세 ○○원 및 ○○원, 2009년도분 재산세 ○○원 및 ○○원 등 합계 ○○원을 각 부과하자 이를 납부하였는데, 이 건물은 당초 건축허가 신청시 종교용도로는 허가를 받을 수 없어 부득이 운동시설로 허가를 받아 건축물대장에 등재되었을 뿐 실제는 이 건물의 사용승인 이후부터 현재까지 1층 중 168.17㎡, 2층 전체 1,604.44㎡, 3층 전체 1,604.44㎡ 및 4층 전체 1,598.76㎡는 예배목적으로 사용하고 있어 취득세 등의 비과세 대상이나 신청인이 착오로 취득세 등을 납부하게 된 것이므로 이 건물 중 예배목적으로 사용한 부분에 대한 취득세, 등록세 및 재산세 등을 환부해 달라.
  

피신청인의 주장

• 취득세 담당자가 2007. 1. 8. 이 토지 및 건물에 대하여 출장한 후 작성한 복명서를 보면 담임목사인 신○○이 조사담당자와 동행하여 현장확인을 함께 하였고, 담당자는 출장결과를 종교용비과세에 해당되지 않는다고 보았고, 담임목사에게 이의신청, 심사청구 등 불복절차를 안내하였음에도 불구하고, 신청인 스스로 종교용비과세 요건에 해당되지 않음을 인정하여 2007. 1. 29. 비과세 받은 토지분에 대하여 취득세 등을 신고・납부하였을 뿐 아니라 이 건물에 대하여도 2007. 1. 2. 자진하여 신고・납부하였으므로 착오신고가 아니라 적법하게 신고한 것이고, 같은 이유로 ｢지방세법｣ 제192조에 의해 재산세를 부과・징수한 것도 정당하므로 신청인의 주장을 수용할 수 없다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 2003. 9. 18. 신청외 김○○으로부터 매매를 원인으로 이 토지의 소유권을 이전(등기원인일 2003. 9. 8.)받은 후, 2007. 1. 29. 이 토지의 취득신고가액을 ○○원, 납부할 취득세 및 등록세 등을 ○○원 및 ○○원으로 하여 신고・납부하였으며, 이 건물에 대하여는 2007. 1. 2. 취득신고가액을 ○○원, 납부할 취득세 및 등록세 등을 ○○0원 및 ○○원으로 하여 신고・납부한 사실이 피신청인이 제출한 ‘취득신고 겸 자진납부 세액계산서’에 의하여 확인된다.
  나. 이 건물은 2004. 12. 31. 신청인이 피신청인으로부터 ○○교회 스포츠센타로 허가를 받아 2005. 9. 29. 착공하여, 2006. 11. 28. 사용승인을 받은 후 2007. 1. 4. 신청인 명의로 소유권 보존등기한 사실이 건축물대장 및 건물등기부등본에 의하여 확인된다.
  다. 피신청인은 2010. 8. 20. 이 건물의 이용현황을 조사한 후 그 결과에 따라 신청인에게 부과한 2010년도 재산세에 대하여 이 건물 총 연면적 9,896.31㎡ 중 7,082,83㎡(주차장 이용부분은 안분계산함)를 신청인이 종교활동에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2010. 7월 정기분 재산세(건축물)는 부과취소 후 재부과할 예정임을 2010. 8. 27. 신청인에게 회신하였다.
  라. 신청인은 2003. 5. 25. 이 토지를 매입하여 성전을 건축한 후 예배를 드리기로 결정하였고, 이 토지를 매입한 이후인 2003. 11. 15. 성전건축을 결의한 사실이 당회록에 의하여 각 확인된다.
  마. 신청인은 2006. 12. 7. 이 건물의 사용승인에 맞추어 입당감사예배를 드렸으며, 입당이후 현재까지 예배장소로 사용하고 있음이 주보에 의하여 확인된다.
  바. 신청인은 사업장소재지를 이 건물로, 개업일을 2006. 11. 1.로, 업종을 부동산 임대 및 서비스 에어로빅 등으로 하여 ○○세무서장에게 사업자등록을 신청하여 사업자등록증을 교부받은 후 부가가치세를 제세를 신고하였다.
  사. 우리 위원회에서 확인한바에 의하면, 신청인이 2007. 2기 예정 과세기간부터 2008년 1기 확정 과세기간까지의 부가가치세 과세표준 중 부동산임대 수입 외의 수입금액 내역은 탁구교실 등 운영수입이며 수입금액은 3개월에 약 천만원내외이다.
  아. 사업소세는 환경개선 및 정비에 필요한 비용을 충당하기 위하여 시・군・구에 사업소를 둔 자로부터 징수하는 시・군・구의 목적세로 1976. 12. 31. 법률 제2945호에 의거 처음 신설되었다가, 2010년 지방재정확충방안의 일환으로 지방소득세가 도입되면서 폐지된 세목으로, 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 인적설비와 물적설비를 모두 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소로서 연면적이 330㎡를 초과하는 사업소가 부과대상인데, 피신청인은 이 건물 중 지하2층 1,247㎡에 대해서만 2008년 및 2009년 귀속 재산할 사업소세를 신청인에게 부과하였다.
  자. 이 건물에 대한 우리 위원회 조사관의 현지 확인시 신청인 소속의 박○○전도사는 “이 건물 3층 및 2층 일부를 전도목적으로 탁구장 및 에어로빅장으로 주중에 일시 사용하였으나 예배공간으로 사용하기에 물리적으로 문제가 있다고 판단되어 지하1층으로 이전하였다”라고 진술하면서, 예배를 드리는 사진 8매, 사업자등록증, 탁구교실 및 챠트글씨 등의 수입내역서 등을 제출하였다.
  

판단

• 가. ｢지방세법｣(법률 제9924호로 개정되기 이전의 것) 제107조 및 제127조 제1항은 “다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세・등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세・등록세를 부과한다. 1. 제사・종교・자선・학술・기예・기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득・부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 같은 법 제186조는 “다음 각호에 규정하는 재산(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 재산세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 당해 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 당해 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 그러하지 아니하다. 1. 제사・종교・자선・학술・기예 그 밖의 공익사업을 목적으로 하는 대통령령이 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산(단서생략).”이라고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령(대통령령 제22586호로 개정되기 이전의 것) 제143조는 “재산세의 과세대상 물건이 공부상 등재현황과 사실상의 현황이 상이한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 재산세를 부과한다.”라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제25조의2는 “지방자치단체의 장은 지방세의 부과징수가 위법 또는 부당한 것임을 확인한 때에는 즉시 그 처분을 취소하거나 변경하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제82조는 “지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 ｢국세기본법｣과 ｢국세징수법｣을 준용한다.”라고 규정하고 있으며, ｢국세기본법｣ 제14조 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득・수익・재산・행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있다.
  나. 살피건대, 피신청인은 신청인이 납부한 재산세를 당초의사를 번복 환부를 요구하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 적용되는 조세실체법과 관련한 신의성실의 원칙 적용은 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 경우에 한하여 비로소 적용된다고 할 것이고, 특히 납세의무자가 과세관청에 대하여 자기의 과거의 언동에 반하는 행위를 하였을 경우에는 세법상 조세감면 혜택의 박탈, 각종 가산세에 의한 제재, 세법상의 벌칙 등 불이익 처분을 받게될 것이며, 과세관청은 납세자에 대한 우월적 지위에서 실지조사권 등을 가지고 있고, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있다는 점 등을 고려한다면, 납세의무자에 대한 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석해서는 안되므로(대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두3468 판결 참조) 이 건물 및 토지를 실제 종교용으로 사용되어 왔음이 밝혀진 경우에는 신뢰보호의 원칙을 들어 경정을 거부하기 어렵다고 할 것이다.
  다. 다음으로, 이 건물이 신축이후 종교용으로 사용되었는지를 살펴보면, 신청인은 이 토지를 매입한 이후인 2003. 11. 15. 이 토지에 성전을 건축하기로 결의한 사실이 당회록에 의하여 확인되는 점, 피신청인이 2007. 1. 8. 실시한 이 건물에 대한 현장확인시 담임목사 신○○은 “평일에는 운동시설, 주말에는 예배 등에 사용한다”고 진술한 점, 신청인은 이 건물에서 2006. 12. 7. 입당감사예배를 드린 이후 현재까지 이 건물 4층 ○○홀, 3층 ○○홀 및 2층 ○○홀에서 주일예배를, 2층 ○○홀에서 어린이 예배를, 3층 ○○홀에서 중등부 예배를, 3층 ○○홀에서 고등부예배를 드리고 있음이 주보 등에 의하여 확인되는 점, 신청인은 이 건물 지하 1, 2층의 임대 및 1층 탁구교실 등의 운영에 따른 수입금액을 신고하기 위하여 ○○세무서장에게 개업일을 2006. 11. 1.로 하여 사업자등록증을 교부받은 점, 신청인은 부가가치세 신고시 부동산임대 수입금액 외에 1층 ○○홀 및 ○○홀과 지하1층 ○○홀에서 발생한 탁구교실 운영수입에 대하여만 부가가치세를 신고한 점, 피신청인도 2010년도 재산세부과와 관련된 현황조사에서 이 건물 총 연면적 9,896.31㎡ 중 7,082,83㎡(주차장 이용부분은 안분계산함)는 신청인이 종교활동에 직접 사용하는 부동산으로 보아 2010. 7월 정기분 재산세는 부과취소 후 재부과할 예정임을 회신한 점, 2010년 폐지된 사업소세의 부과대상은 사업 또는 사무를 수행하기 위하여 인적설비와 물적설비를 모두 갖추고 계속하여 사업 또는 사무가 이루어지는 장소인데 피신청인은 이 건물 중 지하2층 1,247㎡에 대해서만 사업소세를 부과한 점, 우리 위원회에서 이 건물에 대한 현장출장시 청취한 신청인 소속 박○○전도사의 진술을 신청인의 부가가치세 신고현황 및 예배를 드리는 사진 등에 비추어 신뢰할 수 있는 점, 종교단체가 방과 후 학교, 지역아동센터 등의 형태로 운영하는 것은 종교활동(선교활동)의 일환으로 진행되는 것으로서 이러한 운영방법은 종교적 실천의 가장 보편적인 형태이고 포교의 가장 효과적인 수단으로서 종교단체 활동에 일반적으로 수반되는 사업에 해당하는 점(서울고등법원 2004. 7. 28. 선고 2003누15210 판결), 교회에서 약 80m 떨어진 대지를 취득하여 신도들의 주차공간으로 사용한 경우에도 비영리사업에 직접 사용되는 부동산으로 보아 재산세를 비과세하는 점(대법원 2008. 6. 12. 선고 2008두1368 판결) 등을 종합적으로 고려할 때 신청인은 이 건물의 사용승인 이후부터 현재까지 이 건물 중 2층, 3층 및 4층 등 합계 4,807.64㎡를 종교목적으로 직접 사용하였다 할 것이다. 따라서 피신청인은 실질과세원칙과 현황과세원칙에 따라 신청인에게 부과한 재산세 부과처분에 대하여 이 건물 중 신청인이 종교목적에 직접 사용한 면적(4,807.64㎡)과 공용면적인 지하1층 및 1층의 주차장 면적(3,178.95㎡)을 안분(종교용 2,275.18㎡, 비종교용 903.77㎡)하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  라. 신청인이 자진하여 신고・납부한 취득세 및 등록세의 환부에 대하여 살펴보면, 신청인은 이 건물 신축에 관하여 주택법령에 따른 행위허가 처분을 받았으며, 허가당시 이 토지에 설치된 이 건물은 사용검사 후에도 타용도로의 변경이 불가함을 알았던 점, 이 토지는 구 주택건설촉진법 제33조에 따라 1994. 8. 5. 주택건설사업계획 승인당시 생활체육시설・청소년시설부지 및 동 시설의 용도로 지정된 점, 건축물을 건축함으로써 취득하는 때의 취득시기는 사용승인서 교부일(사용승인서 교부일 이전에 임시사용승인을 받거나 사실상 사용하면 임시사용승인일 또는 사실상사용일)인 점, 신청인은 이 건물 용도를 운동시설로 하여 건축물관리대장 및 건물등기부등본에 각 등재한 점, 신청인 스스로 이 토지 및 건물을 취득한 후 종교용으로 감면신청하지 않고 취득세 및 등록세를 (수정)신고・납부한 점 등을 고려할 때 신청인은 이 토지 및 건물에 대한 취득세 및 등록세를 적법하게 신고・납부하였다 할 것이다. 따라서 피신청인의 취득세 및 등록세 환부거부는 정당하다고 판단된다.
  

결론

• 그렇다면 신청인의 신청은 일부 이유 있으므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하고, 나머지 신청은 이유가 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고