국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 경정청구 기간이 경과된 사업연도에 대하여도 세액공제요건을 충족하면 세액공제가 가능한지 여부
  
  

결정요지

• 
  조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제는 ‘공제신청을 한 경우에 한하여 적용한다.’는 표현을 하고 있지 아니하므로 위 규정은 신청을 한 경우에만 세액공제를 적용하는, 신청이 공제・감면의 필수적 요건(신청감면)인 경우에 해당하지 아니하고 납세자의 협력의무(당연감면)에 불과한 경우에 해당되는바(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결, 국세심판원 1993. 6. 17. 결정 국심1993광0493 같은 뜻임.), 신청인의 감면신청이 없었다고 하더라도 기술 및 인력개발비 세액공제 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단되고, 과세관청은 부가가치세 과세누락에 대하여 단기 5년에서 장기 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세권을 행사하고 있으나 경정청구기간은 3년에 불과한바, 경정청구기간이 경과하였다는 사유만으로 과오납한 세액의 환급을 거부하는 것은 과세관청의 부과권 행사기간과 납세자의 경정청구기간에 있어 형평이 맞지 않아 불합리한 측면이 있다. 또한 국세청은 수 년간 경정청구기간이 경과한 근로소득세 및 사업소득세에 대한 과오납세액 환급신청에 대하여 사실관계가 확인되는 경우 과오납한 세액을 환급해 왔고, 과세관청의 관행으로 정착되었다고 볼 수 있다 할 것이며, 우리 위원회가 ｢국세기본법｣ 제45조의 2에서 정한 경정청구 기한을 경과한 민원들에 대하여 일관되게 과세관청에 시정권고한바 있고 과세관청은 과세권자에게 부여된 부과권을 행사하여 결정취소 또는 감액경정을 함으로써 우리 위원회의 시정권고를 수용해온 점과 신청인이 고유디자인 개발을 위한 비용을 지출하여 관련 세액공제 요건을 충족하고 있는 사실에 대하여는 다툼이 없는 점 등을 고려해 볼 때, 피신청인은 신청인의 2004 및 2005 사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산에 있어 기술 및 인력개발비세액공제를 적용하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  
  

참조법령

• ｢조세특례제한법｣ 제10조(기술 및 인력개발비 세액공제)
  

주문

• 피신청인에게 신청인의 2004 및 2005 사업연도 법인세에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따른 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 그 세액을 경정할 것을 시정권고한다.
  
  

신청취지

• 주문과 같다

신청원인

• 신청인은 1994년에 설립된 여성용 정장의류 제조업을 영위하는 법인으로서 2004 ~ 2008 사업연도의 기간 중 고유디자인 개발을 위하여 연구 및 인력개발비를 지출하였는데도 세법에 대한 무지로 법인세 신고시 관련 세액공제를 신청하지 않은 것에 대하여 신청인이 피신청인에게 경정 및 고충청구를 하였으며, 피신청인은 신청인이 연구 및 인력개발비 세액공제요건을 충족한 것은 인정하여 2006 ~ 2008 사업연도에 대하여는 법인세를 환급하였으나, 2004 및 2005 사업연도에 대하여는 경정청구기간이 경과되었다는 사유로 거부한 것은 부당하니, 경정청구기간이 경과하였다고 해도 국세부과제척기간이 남아(2004 사업연도 2010. 3. 31) 있으면 직권으로 환급해야 할 것이므로 초과납부한 법인세를 환급해 달라.
  

피신청인의 주장

• 신청인의 2004 및 2005 사업연도에 대하여는 경정청구기한(3년)이 경과하였으므로 당초 처분은 정당하다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 1994. ○. ○. 서울 강남구 ○○동 ○○-○○에서 ○○ 제조업을 주업종으로 하여 법인설립 및 사업자등록하여 현재까지 운영 중에 있고, 신청인의 대표자이자 디자이너인 ‘○○○’라는 자체브랜드로 국내의 주요백화점 등에서 판매하고 있다.
  
  나. 신청인은 고유디자인개발을 위한 비용을 지출한 것에 대하여 법인세 세액계산에 있어 ｢조세특례제한법｣ 제10조에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있었음에도 이를 당초 신고시 공제신청하지 아니한 사실을 확인하고 2010. 1. 피신청인에게 동 세액공제를 적용한 ‘과세표준 및 세액의 결정(경청)청구서’를 제출하였고, 피신청인은 2010. 2. 신청인이 디자인개발을 위해 본사내 디자인실과 개발실을 별도의 사무실로 운영하고 있으며, 각 파트별로 자체 고유디자인 개발과 관련된 고유의 업무만을 수행하고 있는 등 연구 및 인력개발비 세액공제 요건을 충족한 것으로 확인하고 2006~2008년 사업연도에 대하여만 세액공제를 적용하여 법인세를 환급하였다.
  
  다. 신청인은 동일한 내용으로 지출한 2004 및 2005 사업연도에 대하여 2010. 2. 피신청인에게 고충청구를 하였으나, 피신청인은 2010. 3. 경정청구기간이 경과하였다는 사유를 들어 ‘불채택’으로 결정하였다.
  
  라. 국민권익위원회는 ｢국세기본법｣제45조의 2에서 정한 경정청구기간을 경과한 민원에 대하여 일관되게 과세관청에 시정권고를 하였고(2004고충17839 법인세등환급 2005. 1. 31. 의결, 2CA-0604- 011122 법인세환급 2006. 6. 19.의결, 2CA-0802-018687 부가가치세경정청구거부취소 2008. 4. 21. 의결, 2BA-0809-031022 부가가치세부과처분취소등 2008. 11. 8. 의결, 2BA-0901-042692 2009. 4. 20. 의결, 2CA-0908-024385 법인세환급요청 2009. 10. 21. 의결 외 다수), 과세관청은 국민권익위원회의 시정권고에 대하여 과세권자에게 부여된 부과권을 행사하여 결정취소 또는 감액경정을 함으로써 위원회 시정권고를 수용해 왔다.
  
  

판단

• 가. ｢조세특례제한법｣제10조 제1항은 “내국인[도박장・무도장・유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 ‘소비성서비스업’이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제9조 제2항은 “법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.”라고, 제8항은 “법 제10조 제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.”고 각 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 별표 6 제1항 사목은 ‘고유디자인 개발을 위한 비용’이라고 규정하고 있다. 한편, 기획재정부 및 국세청은 예규(재무부 1993. 4. 23. 세조46068-45, 국세청 1999. 3. 31. 법인46012-1195 외 다수)를 통하여 경정청구기간을 경과한 경우라도 사실관계가 확인되면 경정이 가능하다고 일관되게 해석하면서, 최근 수 년간 근로소득자 및 인적용역을 공급하는 사업소득자가 제출한 경정청구기간이 경과된 수 천건의 근로소득세 및 사업소득세 환급신청에 대하여 감면, 공제누락 등이 확인된 경우 과오납한 세액을 환급한 사례가 있다.
  
  나. 조세특례제한법상 연구 및 인력개발비 세액공제는 ‘공제신청을 한 경우에 한하여 적용한다.’는 표현을 하고 있지 아니하므로 위 규정은 신청을 한 경우에만 세액공제를 적용하는, 신청이 공제・감면의 필수적 요건(신청감면)인 경우에 해당하지 아니하고 납세자의 협력의무(당연감면)에 불과한 경우에 해당되는바(대법원 2002. 1. 22. 선고 2000두3115 판결, 국세심판원 1993. 6. 17. 결정 국심1993광0493 같은 뜻임.), 신청인의 감면신청이 없었다고 하더라도 기술 및 인력개발비 세액공제 규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단되고, 과세관청은 부가가치세 과세누락에 대하여 단기 5년에서 장기 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세권을 행사하고 있으나 경정청구기간은 3년에 불과한바, 경정청구기간이 경과하였다는 사유만으로 과오납한 세액의 환급을 거부하는 것은 과세관청의 부과권 행사기간과 납세자의 경정청구기간에 있어 형평이 맞지 않아 불합리한 측면이 있다. 또한 국세청은 수 년간 경정청구기간이 경과한 근로소득세 및 사업소득세에 대한 과오납세액 환급신청에 대하여 사실관계가 확인되는 경우 과오납한 세액을 환급해 왔고, 과세관청의 관행으로 정착되었다고 볼 수 있다 할 것이며, 우리 위원회가 ｢국세기본법｣ 제45조의 2에서 정한 경정청구 기한을 경과한 민원들에 대하여 일관되게 과세관청에 시정권고한바 있고 과세관청은 과세권자에게 부여된 부과권을 행사하여 결정취소 또는 감액경정을 함으로써 우리 위원회의 시정권고를 수용해온 점과 신청인이 고유디자인 개발을 위한 비용을 지출하여 관련 세액공제 요건을 충족하고 있는 사실에 대하여는 다툼이 없는 점 등을 고려해 볼 때, 피신청인은 신청인의 2004 및 2005 사업연도 법인세 과세표준 및 세액계산에 있어 기술 및 인력개발비세액공제를 적용하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 신청인의 2004 및 2005 사업연도 법인세에 대한 세액공제를 구하는 신청인의 주장은 이유가 있으므로, ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고