국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 고의없는 실무자의 단순 과실로 부가가치세 신고시 영세율 첨부서류를 제출하지 못하였을 경우 가산세 취소 가능한지 여부
  

결정요지

• 국민생활의 편익을 증진시키는 시설인 인천시립도서관 임대형 민자사업시행자로 지정된 특수목적법인(SPC)으로서 직원 및 상근임원이 없이 운영되는 회사이고 수입과 지출을 사전 예산에 따라 집행 운영하여 여유 자금이 없도록 유지 관리되어 온 점, 신청인은 인천광역시장에게 영세율세금계산서를 작성 교부한 후 부가가치세 신고서식란 중 영세율과세표준에 기재하여야 할 것을 업무미숙으로 면세사업수입금액란에 착오 기재한 점, 신청인이 ｢국세기본법｣ 제45조의 규정에 따라 착오 신고된 부분을 스스로 수정신고후 영세율 첨부서류를 제출한 점, 부가가치세 신고서에 ｢부가가치세법｣상 기재하였어야 할 영세율 과세표준금액을 면세수입금액란에 바꾸어 기재하긴 하였으나 신청인의 고의성을 찾기 어려운 점, 영세율 적용 대상금액을 면세수입금액란에 기재한 결과 피신청인의 과세권의 행사 및 조세채권의 실현에 아무런 장애가 없다고 할 것인 점, 수출대행으로 사업자가 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 부가가치세 관련 법령이 정하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 거래의 실질에 따라 영세율을 적용하여야 하고(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두24449 판결 참조), 조세특례제한법상 영세율 해당거래분 명세 미제출에 대한 부가가치세법상 영세율제출불성실가산세 부과처분은 부당하다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2003두9718판결 참조)는 점, 국민권익위원회는 신청인의 경우와 동일한 내용의 민원(2BA-0903-050017, 2CA-0609-012224)에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다는 이유만으로 가산세를 부과한 것은 가산세 부과제도의 근본취지 등에 비추어 지나치게 가혹하다는 사유로 부과처분을 취소할 것을 내용으로 하는 의견표명 등을 하였으며, 관할 세무서에서도 우리 위원회의 의견이 타당하다고 판단하여 수용하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때 당초신고시 쟁점 세금계산서 금액을 면세수입금액란에 기재한 후 수정신고시 영세율첨부서류를 제출하였다는 사유로 인하여 ｢부가가치세법｣ 제22조 제7항에 의한 영세율과세표준 신고불성실가산세를 부과하는 것은 국세청이 적극적으로 추진하고 있는 전자신고제도를 이용하면서 착오로 영세율과세표준을 면세수입금액란에 기재하고 영세율첨부서류를 누락한 신청인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다고 할 것이다. 따라서 피신청인은 신청인에 대하여 행한 이 처분을 취소하여야 할 것으로 판단된다.
  

참조법령

• ｢조세특례제한법｣ 제105조
  

주문

• 피신청인에게 2009. 12. 24. 신청인에 대하여 행한 부가가치세 영세율 과세표준 신고불성실 가산세 107,335,000원의 부과처분을 취소할 것을 시정권고한다.
  
  

신청취지

• 주문과 같다

신청원인

• 신청인은 인천 남동구 ○○동 ○○○-○에서 부동산관리업을 영위하는 사업자로 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 인천시립도서관을 신축・준공하여 2009. 1. 2. 인천광역시청에 기부채납하면서 공급가액 21,467,000,000원의 영세율 세금계산서(이하 ‘쟁점 세금계산서’라 한다)를 교부하고 영세율 첨부서류 제출없이 2009. 4. 25. 부가가치세 면세수입금액으로 전자신고한 후 2009. 9. 22. ｢국세기본법｣ 제45조에 따른 수정신고를 하면서 영세율 첨부서류를 제출하였다. 피신청인은 신청인이 부가가치세 신고시 쟁점 세금계산서와 관련된 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 것으로 보아 영세율 과세표준 신고불성실가산세에 수정신고에 따른 50%를 감면하여 107,335,000원을 부과(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 신청인은 고의없는 실무자의 단순 과실로 부가가치세 신고시 영세율 첨부서류를 제출하지 못하였는데 이 처분을 하는 것은 억울하니 취소하여 달라.
  

피신청인의 주장

• 기부채납과 같이 영세율이 적용되어 납부할 부가가치세액이 없다고 하더라도 영세율 과세표준 신고의무가 면제되는 것은 아니고 신청인이 비록 수정신고와 동시에 영세율 첨부서류를 제출하였다고 하더라도 영세율과세표준 신고불성실가산세를 과세한 처분은 정당하다.
  
  

사실관계

• 가. 신청인은 2007. 2. 14. 인천광역시청과 체결한 협약에 따라 인천시립도서관을 신축하여 2008. 12. 29.자로 소유권 보존등기를 종료하였고, 2009. 1. 2. 증여를 원인으로 인천광역시에 기부채납하였다.
  
  나. 신청인은 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자의 지위에서 같은 법 제4조 제2호의 규정에 의거 인천시립도서관을 건설하여 2009. 1. 2. 인천광역시장에게 기부채납하면서 쟁점 세금계산서를 교부하고 영세율 첨부서류 제출없이 2009. 4. 25. 부가가치세 면세수입금액으로 전자신고한 후 2009. 9. 22. ｢국세기본법｣ 제45조에 의한 영세율서류를 첨부하여 수정신고하였으며, 신청인이 피신청인에게 행한 2009년 제1기 부가가치세 예정신고 및 수정신고의 내역은 아래 <표1>과 같다.
  
  다. 피신청인은 신청인이 쟁점 세금계산서가 ｢조세특례제한법｣상 영세율 적용대상임에도 2009년 제1기 부가가치세 신고기한까지 ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3항 제1의2호에서 규정하고 있는 영세율 첨부서류를 제출하지 않았다하여 이 처분을 하였다.
  
  라. 신청인은 이 처분과 관련하여 부가가치세를 취소하여 달라며 2010. 1. 29. 조세심판원에 심판청구 하였으나, 2010. 3. 26. 당초 처분이 정당하다는 사유로 기각되었다.
  
  

판단

• 가. ｢조세특례제한법｣ 제105조 제1항은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영(零)의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3호의2는 2012년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용하고, 제5호 및 제6호는 2011년 12월 31일까지 공급한 것에 대해서만 적용한다. 3의2. ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조 제7호에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역”이라고 규정하고 있고, ｢조세특례제한법 시행령｣ 제106조 제12항은 “법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호 및 법 제106조 제1항 제1호ㆍ제4호의 규정이 적용되는 경우에는 ｢부가가치세법｣에 의하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고를 하는 때에 당해 신고서에 다음의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 1. 법 제105조 제1항 제1호부터 제3호까지 및 제3호의2의 경우에는 공급받는 기관의 장이 발행하는 납품증명서 또는 용역공급사실을 증명하는 서류”라고 규정하고 있으며, ｢부가가치세법｣ 제22조 제7항은 “영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항에 따라 신고하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 경우에는 그 신고하지 아니한 과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 해당하는 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.”라고 규정하고 있고, ｢부가가치세법 시행령｣ 제64조 제3항은 “법 제18조 제1항 및 제2항 단서를 적용함에 있어서 법 제11조 제1항 및 이 영 제26조에 따라 영세율이 적용되는 경우에는 부가가치세 예정신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 제출하여야 한다. 다만, 부득이한 사유로 인하여 해당 서류를 첨부할 수 없는 때에는 국세청장이 정하는 서류로서 이에 갈음할 수 있다.”라고, 제9항은 “제2항에 따라 예정신고를 하는 경우에는 다음 각 호의 서류를 해당 신고서에 첨부하지 아니한 부분에 대하여는 제2항의 신고로 보지 아니한다. 2. ｢조세특례제한법｣ 제105조 제1항에 따라 영세율이 적용되는 과세표준에 관하여 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제106조 제12항 및 ｢농ㆍ축산ㆍ임ㆍ어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례 규정｣ 제4조에서 규정하는 서류”라고 규정하고 있으며, ｢사회기반시설에 대한 민간투자법｣ 제2조는 “이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. “사회기반시설”이란 각종 생산활동의 기반이 되는 시설, 당해 시설의 효용을 증진시키거나 이용자의 편의를 도모하는 시설 및 국민생활의 편익을 증진시키는 시설로서, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 시설을 말한다. 고. ｢도서관법｣ 제2조 제1호에 따른 도서관 7. “사업시행자”라 함은 공공부문 외의 자로서 이 법에 의하여 사업시행자의 지정을 받아 민간투자사업을 시행하는 법인을 말한다.”라고 규정하고 있고, 제4조는 “민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다. 2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용・수익하는 방식”이라고 규정하고 있다.
  나. 살피건대, 피신청인은 당초 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 예정신고시 이에 대한 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였고, 신청인에게 협력의무불이행에 대한 가산세 적용을 배제할 만한 특별한 사정이 없으므로 쟁점 세금계산서와 관련된 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 것에 대하여 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 하고 있으나, 신청인은 국민생활의 편익을 증진시키는 시설인 인천시립도서관 임대형 민자사업시행자로 지정된 특수목적법인(SPC)으로서 직원 및 상근임원이 없이 운영되는 회사이고 수입과 지출을 사전 예산에 따라 집행 운영하여 여유 자금이 없도록 유지 관리되어 온 점, 신청인은 인천광역시장에게 영세율세금계산서를 작성 교부한 후 부가가치세 신고서식란 중 영세율과세표준에 기재하여야 할 것을 업무미숙으로 면세사업수입금액란에 착오 기재한 점, 신청인이 ｢국세기본법｣ 제45조의 규정에 따라 착오 신고된 부분을 스스로 수정신고후 영세율 첨부서류를 제출한 점, 부가가치세 신고서에 ｢부가가치세법｣상 기재하였어야 할 영세율 과세표준금액을 면세수입금액란에 바꾸어 기재하긴 하였으나 신청인의 고의성을 찾기 어려운 점, 영세율 적용 대상금액을 면세수입금액란에 기재한 결과 피신청인의 과세권의 행사 및 조세채권의 실현에 아무런 장애가 없다고 할 것인 점, 수출대행으로 사업자가 영세율 적용대상 과세표준을 신고하면서 부가가치세 관련 법령이 정하는 영세율 첨부서류를 제출하지 아니한 경우에도 당해 과세표준이 영세율 적용대상임이 확인되는 때에는 거래의 실질에 따라 영세율을 적용하여야 하고(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두24449 판결 참조), 조세특례제한법상 영세율 해당거래분 명세 미제출에 대한 부가가치세법상 영세율제출불성실가산세 부과처분은 부당하다(대법원 2006. 9. 8. 선고 2003두9718판결 참조)는 점, 국민권익위원회는 신청인의 경우와 동일한 내용의 민원(2BA-0903-050017, 2CA-0609-012224)에 대하여 영세율 첨부서류를 제출하지 아니하였다는 이유만으로 가산세를 부과한 것은 가산세 부과제도의 근본취지 등에 비추어 지나치게 가혹하다는 사유로 부과처분을 취소할 것을 내용으로 하는 의견표명 등을 하였으며, 관할 세무서에서도 우리 위원회의 의견이 타당하다고 판단하여 수용하고 있는 점 등을 종합적으로 고려할 때 당초신고시 쟁점 세금계산서 금액을 면세수입금액란에 기재한 후 수정신고시 영세율첨부서류를 제출하였다는 사유로 인하여 ｢부가가치세법｣ 제22조 제7항에 의한 영세율과세표준 신고불성실가산세를 부과하는 것은 국세청이 적극적으로 추진하고 있는 전자신고제도를 이용하면서 착오로 영세율과세표준을 면세수입금액란에 기재하고 영세율첨부서류를 누락한 신청인에게 가산세를 부과한 것은 부당하다고 할 것이다. 따라서 피신청인은 신청인에 대하여 행한 이 처분을 취소하여야 할 것으로 판단된다.
  

결론

• 그러므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고