국민권익위원회 Anti-Corruption & Civil Rights Commission

결정사항

• 정상거래를 하였는지 여부
  

결정요지

• 
  피신청인은 신청인이 이 매입세금계산서의 거래에 대하여 정상거래를 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 이 처분은 정당하다고 주장하고 있으나, 신청인은 특허물질이 들어가는 바이오물통 및 찬통을 쟁점법인에서 직접제작하여 매출처인 ○○제약에 납품한 사실과 그 대금을 ○○제약으로부터 어음으로 받은 사실이 거래명세표 및 전표 등에서 확인되는 점, 신청인은 쟁점법인 및 쟁점법인의 전신인 주식회사 ○○으로부터 1999년 2기부터 2002년 2기 과세기간까지 ○○○○,○○○,○○○원에 대한 계속거래를 하였으나, 피신청인은 이 매입세금계산서에 대하여만 가공거래로 보아 이 처분을 한 것은 구체적인 사실관계를 도외시한 것으로 보이는 점, 조사청이 쟁점법인을 조사하여 자료상으로 고발한 것에 대하여 ○○지방검찰청은 혐의없음(증거 불충분)으로 결정한 점, 위 검찰청 및 ○○경찰서장은 조사청이 가공거래로 확정한 12개 업체의 정상거래여부를 조사한바, 영업을 하지 않거나 부도난 업체(○개)를 제외한 ○개의 업체에 대하여 허위거래가 아니라고 판단하고 있는 점, 쟁점법인의 실사업자인 ○○○은 위 12개 업체와 정상거래를 하였다고 피의자신문조서에서 밝히고 있고, 위 업체 중 ○○○○산업 주식회사에 대한 자료를 처리한 ○○세무서장은 대금결재 등으로 보아 정상거래를 하였다고 확인하고 있는 점, 사실관계 아항에서 살펴본 바와 같이 조사청이 가공거래혐의 자료로 통보한 21개 업체 중 3개 업체 외에는 대부분 정상거래 및 누적관리자료로 분류하여 사실상 이에 대한 부과처분 사실이 없는 것으로 회신공문에서 확인되는 점, 신청인이 쟁점법인으로부터 원료(플라스틱 등)를 매입하여 대부분 ○○제약에 매출한 사실이 확인되는 점 등을 고려해 볼 때, 쟁점법인에 대한 조사청의 조사 내용을 신뢰할 수 없음에도 조사청의 자료를 통보받은 피신청인은 가공 또는 허위거래에 해당된다는 별도의 구체적인 확인절차 없이 자료상으로 고발된 쟁점법인과 거래하였다는 이유만으로 신청인이 수취한 이 매입세금계산서를 가공거래로 보고 과세한 이 처분은 위법․부당하다고 판단되므로(국심 2000. 10. 31. 결정 2000서8 같은 뜻), 피신청인은 구체적인 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 이 처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  
  

참조법령

• 국세기본법 제16조(근거과세) 및 부가가치세법 제16조(세금계산서)
  

주문

• 피신청인에게 신청인에게 대하여 행한 2007. 1. 31. 납기 2002년 2기 부가가치세 10,215,500원 및 2007. 8. 31. 납기 2002년 귀속 종합소득세 34,077,040원의 각 부과처분을 취소하고, 신청인이 2002년 2기 과세기간에 주식회사 ○○○○로부터 수취한 매입세금계산서의 거래내용을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 종합소득세를 경정할 것을 시정권고한다.
  
  

신청취지

• 주문과 같다

신청원인

• 신청인은 1998. ○. ○.부터 서울 광진구 ○○동 ○○○-○에서 신○○○○(이하 ‘이 민원 사업장’이라 한다)라는 상호로 바이오통(바이오물통 및 찬통 등) 제조업을 영위하다 2004. ○○. ○○ 폐업하였는데, ○○세무서장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 주식회사 ○○○○(이하 ‘쟁점법인’이라 한다)을 조사하여 자료상으로 확정한 후 고발조치하고 신청인이 쟁점법인으로부터 수취한 2002년 2기 매입세금계산서 00,160,000원(이하 ‘이 매입세금계산서’라 한다)에 대하여 가공거래 혐의 자료로 피신청인에게 통보하였으며, 피신청인은 실물없는 가공의 거래로 판단하고 신청인에게 2007. 1. 31. 납기 2002년 2기 부가가치세 00,215,500원 및 2007. 8. 31. 납기 2002년 귀속 종합소득세 00,077,040원을 각 부과(이하 ‘이 처분’이라 한다)하였다. 신청인은 쟁점법인과는 오래전부터 지속적으로 거래를 해 왔고 신청인이 제조하여 ○○○○ 주식회사(이하 ‘○○○○’이라 한다)에 전액 납품한 정상거래를 하였음에도 피신청인이 통보된 자료에 대하여 거래형태, 매출현황 등을 정확하게 살펴 정상거래 여부를 밝혀야 함에도 구체적인 사실조사를 실시하지 않은채 단순히 가공매입한 것으로 보아 이 처분을 한 것은 부당하니 이를 취소해 달라.
  

피신청인의 주장

• 신청인은 쟁점법인과 정상거래를 하였다고 주장하고 있으나, 쟁점법인이 자료상 행위를 하여 관계기관에 고발되었고, 이 매입세금계산서는 자료상과 거래한 것이며, 신청인이 정상거래를 입증할 만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 실물없는 가공거래로 보아 이 처분을 한 것은 정당하다.
  

사실관계

• 가. 신청인은 이 민원 사업장을 1998. 7. 1.부터 2004. 12. 31.까지 바이오물통 등을 제조하는 업을 영위하였는데, 조사청이 쟁점법인을 조사하여 이 매입세금계산서에 대하여 가공거래 혐의 자료로 통보하였고, 피신청인은 이를 근거로 가공거래로 보아 신청인에게 2007. 1. 31. 납기 2002년 2기 부가가치세 10,215,500원 및 2007. 8. 31. 납기 2002년 귀속 종합소득세 34,077,040원을 각 부과하였음이 부가가치세 경정결의서 등에 나타난다.
  
  나. 신청인은 ‘1999년부터 금형제작비용을 제공받는 조건으로 서울 서초구 ○○동 ○○○○-○○ ○○○○ 주식회사에 판촉용 바이오물통 및 찬통을 납품하였고, 그 제품은 특허물질이 있어 다른 장소에서는 제조 및 제작할 수 없는 것으로서 신청인이 위 법인으로부터 금형을 제공받아 쟁점법인의 공장에서 바이오물통 등을 직접 제작하여 납품하였으며, 쟁점법인으로부터 1999년 2기 과세기간부터 제품원료를 매입하는 계속거래가 있었음에도 이 매입세금계산서에 대하여만 문제를 제기하는 것은 이해할 수 없다.’고 주장하고 있으며, 신청인이 건강기암석에 대한 특허권(등록번호 제188231호)을 1999. 3. 1. ○○○으로부터 양수한 내역이 양수도계약서에 나타나고(화장품, 합성수지포장제, 건강찜질기, 치료용기기에 한함), ‘생체수막 보강용 원적외선 및 자기파 발생체 제법을 이용한 인체공학적 건강찜질기’의 실용신안등록(등록번호 제0171757호)권자로 등록되어 있음이 2000. 10. 2. 특허청장이 발급한 실용신안등록원부에 나타난다.
  
  다. 이 민원 사업장의 부가가치세 신고내역은 아래 【표 1】과 같다.
  
  <표 1> 부가가치세신고내역
  (단위：천원)
  
  과세기간
  매출세금계산서
  매입세금계산서
  비고
  전체
  0000
  전체
  쟁점법인
  1998. 2
  16,380
  16,380
  11,199
  -
  
  1999. 1
  34,204
  14,490
  20,233
  -
  
  1999. 2
  62,534
  62,534
  15,929
  15,050
  
  2000. 1
  86,920
  86,920
  49,723
  30,850
  
  2000. 2
  82,300
  82,300
  27,203
  25,305
  
  2001. 1
  35,850
  -
  17,333
  15,675
  
  2001. 2
  49,575
  49,575
  12,461
  -
  
  2002. 1
  99,068
  47,300
  37,986
  21,550
  
  2002. 2
  86,755
  60,355
  57,456
  56,160
  이 매입세금계산서
  2003. 1
  44,109
  33,200
  13,059
  
  
  
  ※ 1999년 2기부터 2002년 1기까지는 쟁점법인의 전신인 주식회사 00(135-81-00000)으로부터 매입한 것임
  
  라. ○○○○의 대표이사 ○○○은 ‘당사에서는 신약개발 기념용으로 1999년부터 2003년까지 이 민원 사업장에 바이오물통과 찬통을 주문하여 납품받았다.’는 내용의 거래사실확인서를 제출하였고, 이 민원 사업장과 거래한 것에 대하여 각 거래 일자별로 매입세금계산서, 거래명세표, 대체전표, 지출결의서(어음발행) 등을 제출하였다.
  
  마. 조사청은 쟁점법인을 2006. 5. 8.부터 같은 해 6. 19.까지 유통과정추적조사를 하였고 조사복명서의 내용은 아래와 같다.
  1) 쟁점법인의 명의상 대표이사는 ○○○로 되어 있으나, 실질대표자는 ○○○임이 전말서에 나타난다.
  2) 쟁점법인이 발행한 매출세금계산서 공급가액 5,088,782,000원 중 금융거래내역 등 객관적인 실지거래 입증자료를 제시한 ○○○○ 주식회사 등 30개 업체에 대한 공급가액 1,214,538,000원은 정상거래로 인정하고, 소명자료를 제출하였으나 가공거래를 한 것으로 조사된 ○○○○ 등 12개 업체에 대한 공급가액 1,939,417,000원은 가공거래 확정자료로, 신청인을 포함하여 소명자료의 제출이 미흡하거나 제출하지 아니한 ○○○○ 등 22개 업체에 대한 공급가액 2,338,566,000원에 대하여는 자료상 거래 혐의 자료로 관할세무서에 통보하였다.
  3) 가공거래 확정된 자료상거래가 500,000,000원 이상에 해당되어 관련 규정에 따라 쟁점법인을 일부 자료상 행위를 한 것으로 판단하여 ｢조세범처벌법｣에 따라 쟁점법인, 명의상 대표자 ○○○ 및 실사업자 ○○○을 2006. 8. 30. 관계기관에 고발하였다.
  
  바. 조사청이 쟁점법인을 조사하여 자료상으로 확정하고 조세범처벌법 위반으로 고발조치한 것에 대하여 00지방검찰청(2007형제14237호)은 2007. 2. 22. 혐의없음(증거불충분)으로 결정하였으며, 이에 대한 범죄사실, 피의자신문조서 및 거래상대방에 대한 조사내역은 아래와 같다.
  1) 조사청이 조세범처벌법 위반으로 쟁점법인의 명의상 대표자인 ○○○ 및 실지운영자인 ○○○을 고발한 것에 대하여 수사한 내역에 의하면, 가공거래로 확정한 12개 업체중 현재 영업을 하지 않거나 부도난 업체 5개 업체를 제외한 7개 업체에 대한 거래내역을 확인한 바, 피의자(○○○)가 운영하는 쟁점법인과는 실질적으로 물품대금 등으로 거래를 하였다는 진술과, 당시 거래한 업체들이 제출한 입금표, 거래명세표, 세금계산서 등 자료로 볼 때 피의자가 거래처와 실물거래 없이 허위거래를 하였다고 보기 어렵다.
  2) 쟁점법인의 명의상 대표자인 ○○○는 피의자신문조서에서 ‘2001년경 지인의 소개로 경기 ○○시 ○○구 ○○면 소재하는 주식회사 ○○의 경리직원으로 입사를 하게 되었는데, 그 당시 실질적 사장이 ○○○이었으며 약 1년 정도 근무를 하던 중 ○○○ 자신이 부도 등으로 사업자등록을 할 수 없다며 명의를 빌려달라고 하여 2002. 4. 1. 제 명의로 쟁점법인의 대표이사로 사업자등록을 하였다.’라고 진술하고 있다.
  3) 쟁점법인의 실사업자인 ○○○은 피의자 신문조서에서 ‘20여년 동안 프라스틱 제조업을 하였으며, 조사청이 가공세금계산서를 교부하였다고 한 ○○○○ 등 12개 업체에 정상거래를 하였는데 조사청의 조사시에는 부도로 사무실의 컴퓨터가 없어지는 바람에 대금결재 등의 자료를 제출하지 못하였으나, 고발된 후 세무서, 부도난 회사 및 거래처 등을 다니며 확보하였다.’라고 진술하고 있다.
  
  사. 피신청인이 쟁점법인을 조사하여 자료상거래로 확정하여 자료파생한 업체 중 ○○세무서의 관할사업자인 ○○○○ 주식회사에 대한 자료처리 복명서에는 ‘쟁점법인으로부터 프라스틱 용기를 정당하게 구입하여 세금계산서를 수취하고 대금은 무통장 입금 및 어음으로 결재한 것으로 확인되어 정상거래로 판단된다.’라는 내용으로 기재되어 있다.
  
  아. 국민권익위원회에서 조사청의 유통과정추적조사 결과 신청인과 같이 ‘소명자료 불충분 및 미회신’되어 가공거래 혐의 자료로 통보된 21개 업체(신청인 제외)에 대하여 각 관할세무서에 그 처리내역을 조회하였는바, 회신내용은 아래 <표 2>와 같다.
  <표 2> 가공거래 혐의자료의 처리내역
  
  
  자. 신청인은 피신청인의 이 처분에 대하여 2007. 8. 1. 과세전적부심사청구를, 2008. 6. 19. 및 2009. 9. 15. 고충청구를 각 제기하였으나, 피신청인은 이 매입세금계산서의 거래에 대하여 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다며 기각으로 결정하였다.
  

판단

• 가. ｢부가가치세법｣제17조 제2항 제1호의2에는 “교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액”은 불공제대상 매입세액으로 규정하고 있으며, 같은 법 제21조 제1항 제3호에는 “사업장관할세무서장ㆍ사업장관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. 3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때”라고 규정하고 있다.
  
  나. 피신청인은 신청인이 이 매입세금계산서의 거래에 대하여 정상거래를 입증할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 이 처분은 정당하다고 주장하고 있으나, 신청인은 특허물질이 들어가는 바이오물통 및 찬통을 쟁점법인에서 직접제작하여 매출처인 ○○○○에 납품한 사실과 그 대금을 ○○○○으로부터 어음으로 받은 사실이 거래명세표 및 전표 등에서 확인되는 점, 신청인은 쟁점법인 및 쟁점법인의 전신인 주식회사 ○○으로부터 1999년 2기부터 2002년 2기 과세기간까지 164,590,000원에 대한 계속거래를 하였으나, 피신청인은 이 매입세금계산서에 대하여만 가공거래로 보아 이 처분을 한 것은 구체적인 사실관계를 도외시한 것으로 보이는 점, 조사청이 쟁점법인을 조사하여 자료상으로 고발한 것에 대하여 ○○지방검찰청은 혐의없음(증거 불충분)으로 결정한 점, 위 검찰청 및 ○○경찰서장은 조사청이 가공거래로 확정한 12개 업체의 정상거래여부를 조사한바, 영업을 하지 않거나 부도난 업체(5개)를 제외한 7개의 업체에 대하여 허위거래가 아니라고 판단하고 있는 점, 쟁점법인의 실사업자인 ○○○은 위 12개 업체와 정상거래를 하였다고 피의자신문조서에서 밝히고 있고, 위 업체 ○○○○ 주식회사에 대한 자료를 처리한 ○○세무서장은 대금결재 등으로 보아 정상거래를 하였다고 확인하고 있는 점, 사실관계 아항에서 살펴본 바와 같이 조사청이 가공거래혐의 자료로 통보한 21개 업체 중 3개 업체 외에는 대부분 정상거래 및 누적관리자료로 분류하여 사실상 이에 대한 부과처분 사실이 없는 것으로 회신공문에서 확인되는 점, 신청인이 쟁점법인으로부터 원료(플라스틱 등)를 매입하여 대부분 ○○○○에 매출한 사실이 확인되는 점 등을 고려해 볼 때, 쟁점법인에 대한 조사청의 조사 내용을 신뢰할 수 없음에도 조사청의 자료를 통보받은 피신청인은 가공 또는 허위거래에 해당된다는 별도의 구체적인 확인절차 없이 자료상으로 고발된 쟁점법인과 거래하였다는 이유만으로 신청인이 수취한 이 매입세금계산서를 가공거래로 보고 과세한 이 처분은 위법․부당하다고 판단되므로(국심 2000. 10. 31. 결정 2000서8 같은 뜻), 피신청인은 구체적인 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 이 처분을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
  

결론

• 그러므로 ｢부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률｣ 제46조 제1항에 따라 피신청인에게 시정을 권고하기로 하여 주문과 같이 의결한다.
  

처리결과

• 시정권고